Jag har ett disputationsdatum!

... närmare bestämt 26/3, kl 13. Disputationen (och bloggens återupplivande) drar allt närmare!

God fortsättning... på avhandlingsarbetet

Här händer inte just mycket. Men bloggen är inte död, den bara vilar! Bakom kulisserna pågår ett intensivt arbete med avhandlingen, som förhoppningsvis är helt klar om några veckor*. Fem kapitel har jag skickat till min handledare, ytterligare tre är halvfärdiga, och just nu pågår putsandet på sista artikeln som ska in. En hel bunt (förhoppningsvis) snygga och pedagogiska figurer ska också produceras, så att avhandlingskapitlen inte består nästan uteslutande av ord.

*på 60%-ig deltid, eftersom jag redan i somras skaffade och började på mitt blivande nästa heltidsjobb. Jodå, med planering så går det. Men det blir ingen bloggtid över med det schemat, om man säger så (däremot lyckas jag twittra ibland, och på så vis hålla den värsta bloggabstinensen stången).

Sociala växter

Wired har en fascinerande liten artikel om släktigenkänning hos växter: åtminstone vissa växter verkar kunna känna skillnad på släktingar och främlingar, och anpassar sin tillväxt därefter. I de fallen växer plantor som är granne med släktingar långsammare och/eller annorlunda (så att de delar med sig mer av utrymme och näring) än de plantor som växer omgivna av främlingar.

Det verkar som om plantorna i vissa fall signallerar släktskap med hjälp av utsöndringar från rötterna. Än så länge har forskargruppen i artikeln, under ledning av Susan Dudley vid McMaster University i Kanada, testat balsaminväxten Impatiens pallida - som satsar hårdare på att växa rötter när den omges av främlingar - och den rapsliknande växten strandsenap, som skaffar sig färre blad i närvaro av släkten jämfört med annars. Kollegor vid University of Delaware har visat att växtforskningsfavoriten backtrav (arabidopsis) också växer kraftigare när den omges av främlingar eller exponeras för rotextrakt från främlingar. Intressant nog verkar det räcka för Impatiens-plantor att släktingarna finns runt omkring, även om de inte står i samma kruka - viket skulle tyda på att även bladen kan skicka ut "släktsignaler".

Undrar hur nära besläktade vanliga utsädesfrön är med varandra. Nog för att det ska spela roll?

Länkar
Wireds nuvarande artikel om plantsläktingar, och en tidigare
Forskningsartikeln om Impatiens pallida
Forskningsartikeln om strandsenap
Forskningsartikeln om backtrav (arabidopsis)

Rödbetornas 'second coming', och VA-dagen

Se Matmolekyler för den ena, och Vetenskap & Allmänhets webbsidor för ett referat (författat av mig) från den andra.

Längre bloggposter kommer. Men jag har en avhandling att lämna in cirka början av januari, så bloggandet lär fortsätta vara glest ett tag till.

Konsten att bygga ett mässbås

Den som aldrig varit på SfN Neuroscience - neurovetenskapernas absolut största konferens, med runt 30000 deltagare varje år - kan nog ha svårt att föreställa sig hur det är. Ända sedan jag började som doktorand har det varit konferensen folk talar om, ofta i from av skräckhistorier (Hotellbokningen! Värkande fötter! Vilse i mässhallarna!). Men allt jag hört har varit från forskarens/deltagarens perspektiv, så när jag fick veta att mitt nya (deltids)jobb som kommunikatör/PR-person på INCF inkluderade "fixa allt till vårt utställningsbås på SfN" visste jag nästan inget om vad jag skulle förvänta mig. Visst har jag gått på sånt som Tekniska Mässan någon gång, men att ställa ut i vetenskapliga sammanhang är annorlunda - väl?

Nja, är nog slutsatsen. Det mesta är "bara" tillämpad logistik. Här ska ni få se hur ett bås med två parallella slots för demos, en mingeldel och en infodel ser ut. Framifrån och bakåt i bilden:

*Båset. Består av tre 'slots' á 10x10 feet (3x3 meter). Utrymmet beställs långt i förväg, och innehåller per default inget annat än sina avgränsande väggar. Vår slot ligger i nedre högra hörnet av kartan på övre bilden. (De omgivande röda taggiga linjerna på kartan är postertavlor. Många hundra postertavlor.)
*Mattan. Beställs & levereras separat, och man kan välja mellan halvdussinet färger med oinformativa namn; "blue, red, burgundy, dark green, gray, black, blue jay, cayenne, and pepper" --> vi sejfar med svart (Noterat: de riktigt dyra&stora båsen har fjädrande underlag under mattan; ett effektivt sätt att få trötta fötter att signallera "ah, lyxbås! Stanna här!").
*Rollups (stora delade bildväggen med hjärnan på). Egen frakt. Här skulle det ha stått en "postervägg" (liknande denna). Den försvann spårlöst i frakten till ett tidigare event, så jag fick se till att paniksnabbt kläcka en plan B; trycka nya canvaser till våra gamla rollups och sedan släpa med dem på flyget (snarare än att förvägsfrakta dem, vilket tar flera veckor). Här står de delvis ihoprullade, eftersom vi fick veta (när allt väl var uppställt på plats i båset) att inget fick vara högre än 8 feet. Jahapp, bara att vara glada att vi hade de kortare stödpinnarna med oss...
*Runt bord. Levereras separat, gick dessutom i kategorin "specialbeställningar".
*Låga stolar. Leverarades ihop med de höga borden. Mycket populära bland båsgästerna.
*El. Beställs separat. Egna (amerikanska) skarvsladdar.
*Internet. Beställs separat, till *fruktansvärt* högt pris, men nödvändigt för flera av de demos vi visade. Router, switch och kablar medfraktade från Sverige, ihopkopplat och inställt av mig.
*Kollega (Raphael Ritz). Ansvarig för demoprogrammet i båset, har lyckligtvis till skillnad från mig varit med förr.
*Höga bord i svarta kjolar. Levereras "oklädda", en särskild kille åker sedan runt med färdigveckat tyg som nitas fast. Vingliga som sjutton och lappade med flera generationer tejp. Även här kunde man välja färg, med tveksam ledning från färgnamnen. Färgerna matchar inte relaterade mattfärger eller varandra. Vi sejfade med svart även här. Vid vår ankomst saknade ett av borden kjol, förutsatt att det oklädda extravingliga bordet som stod på snedden i korridoren verkligen var vårt. Under "bordskjolarna" kan man lagra saker - vilket visade sig vara ett väldigt populärt feature hos våra demohållare och gäster.
*Barstolar. Levererades separat, så sent att vi hann börja bli riktigt nervösa. Dyra nog att hyra att grannbåset köpt en bunt snygga regissörsstolar istället; "det blev billigare så". Dammiga som sjutton vid ankomst; har antagligen bott i ett lager i flera år.
*2 x demosetup: Stor skärm på stativ, liten skärm plus (antik) stationär dator, tangentbord och mus. Specialbox under för att switcha mellan vad som visas på stora skärmen: medtagen laptop eller stationära datorns lilla skärm. Notera de olika skärmformaten? Inte helt lätt att få visningen rätt utifrån de förhållandena. Alla datorprylarna levererades och kopplades in av en särskild leverantör, men vi fick fippla en hel del efteråt för att det skulle bli användbart.
*Anslagstavlor för medtagna posters; posterbyte vid varje demo. (tavlorna levereras separat av ett särskilt företag. Visade sig ha helt andra mått än på den spec vi fick. Men tack och lov var de större, inte mindre)
*Folderställ - ett medtaget ihoprullbart och ett panikbeställt på plats.
*Presentationsbord med tryckmaterial; skulle ha varit det lilla bordet som ingår i posterväggens transportbox, fick panikbeställas efteråt när vi insåg att posterväggen var borta. Tryckmaterialet, totalt 32 kilo tungt, förvägsfraktades till stor del; frakten gick typ tre veckor innan utställningen och beställdes hos en agent i Göteborg. Kartongerna packades extremt omsorgsfullt av mig i enorma mängder tejp och bubbelplast, vilket tog sådan tid att jag gick från jobbet först halv sju på kvällen på min egen födelsedag. Men liknande frakter vi fått *till* kontoret har anlänt i väldigt dåligt skick, och utan tryckmaterial är det ingen större idé att ha båset...
I folderställen:
-- Workshoprapporter fr o m 2006. De flesta fick nybeställas eftersom de var så gott som slut; tack och lov inventerade jag trycksaksförrådet i tid, redan i augusti...
-- Nyhetsbrev #1-3 för i år. 2:an var min första arbetsuppgift när jag började i juni, 3:an gjorde jag under stor tidspress precis i tid för att trycka innan vi åkte, så det nyhetsbrevet fick åka i våra resväskor.
På bordet:
-- Officiella rapporter: årsrapport, strategirapport, introduktionsrapport.
-- Flyers: nästa års neuroinformatikkonferens i Kobe, MUSIC - ett verktyg vi utvecklar, demoprogrammet för montern. Skrivna & layoutade av mig i sista minuten innan vi åkte, eftersom vissa "vore det inte bra att ha..." inte faller någon in förrän i just sista minuten. Tryckta/utskrivna på plats på FedEx. Dyrt men smidigt.
-- Andra flyers: sånt som våra japanska, engelska och amerikanska kollegor haft med sig.
-- Diverse andra broschyrer.
-- Pennor och block. Försvinner så fort man vänder ryggen till. *Alla* giveaways verkar populära; de amerikanska kollegorna i båset mittemot har gett bort runt 2000 exemplar av ett enkelt foto-/pappersställ.
*Mindre rollup (bakom bortre bordet), gör reklam för tidigare nämnda konferens. Paniklayoutad och -beställd av mig en vecka innan vi åkte, när kollegan som ansvarar för konferensen kom på att säga att vi haft en rollup för konferensen något tidigare år, och vore inte det trevligt att ha igen? Levererades så sent att den fick åka med den sist anlända kollegan som flög först två dagar efter oss. Visade sig vara en mycket lätt och trevlig sak - om än med en beklaglig tendens till att stå snett tills man vänt på den helt uniforma stödpinnen ett par gånger - som vi släpat med oss till diverse kvällsevents.

Puh. Jag lovar, jag kommer aldrig mer kunna se på ett mässbås på samma sätt igen -- hädanefter kommer alla mässbås jag råkar på se ut som en gigantisk samling av lösa delar, ditfraktade mot alla odds, i ständig kamp mot logistikversionerna av Murphys lag.

Nu ska vi bara få ner och hem allt igen :)

TV-filmat: Bokmässan-debatten om kunskapsförmedling

Jag hade helt, totalt missat att debatten på bokmässan spelades in av SVT; jag såg inte kameran och hinner sällan se på TV. Hade inte min indiske doktorandkollega slötittat på SVT24 och sett ett bekant ansikte - "I saw you on TV! You were on a stage!" - hade jag nog aldrig upptäckt det heller.

Så, tack vare tips från Pradeep, här är hela debatten "Kunskap åt folket - men hur" från 24/9 på Bokmässan. I vilken jag bland annat kallar mig brobyggare snarare än nyskapare, ifrågasätter idén att kunskap inte skulle vara kul, och avslöjar att jag bloggar för min inre tolvåring.

Det står att länken funkar t o m 8/10, men det är datumet då de lade upp den. Så förhoppningsvis går filmsnutten att se till ca 8/11.

(Relaterat: min ursprungliga bloggpost & min tillhörande gästpost på NE:s Kunskapsbloggen)

Nobelprisparentes

Via Kulturbloggen hittar jag Naturvetarens artiklar om årets Nobelpris i medicin, fysik och kemi. Särskilt kul är att de i alla artiklar har med kommentarer av svenska forskare från respektive fält. Bra jobbat!

Nobelpriset i kemi 2009 för ribosomer i 3D

Minsann, det ser ut som om Karin Bojs prickade en till Nobelpristagare i årets gissningsrunda: Ada Yonath, som tillsammans med Thomas Steitz och Venkatraman Ramakrishnan får kemipriset för att de lyckats lista ut hur ribosomer, en nyckeldel i cellens små DNA-till-protein-maskineri, fungerar och är formade.

En intressant lokalpatriotisk parentes är att ribosomers storlek anges i den för oss vanliga dödliga rätt obskyra enheten "Svedberg", efter den svenske kemisten Theodor Svedberg (också han Nobelpristagare i kemi, fast 1926) som arbetade med dispersa system och uppfann den analytiska ultracentrifugen. En Svedberg motsvarar 10^-13 sekunder (enheten, som också kallas "sedimentationskoefficient", definieras som sedimentationshastigheten delat med accelerationen), och eftersom större partiklar i allmänhet sedimenteras snabbare så har de också vanligtvis ett högt Svedbergvärde.

Ada Yonaths insats består av något som många från början trodde var omöjligt; hon har tagit fram 3D-strukturen för ribosomen med hjälp av röntgenkristallografi. Ribosomer har två delar, som var och en består av RNA tätt omlindad av proteiner. Den aktiva delen, som utgår från mRNA (budbärar-RNA) och bygger ihop aminosyror till proteiner, består av RNA. Metoden går ut på att översätta det prickmönster som bildas av starka röntgenstrålar när de studsar mot mot atomerna i en kristall; och det är inte den enda krångliga biten - man måste dessutom ha tillgång till en synkrotom som ger röntgenstrålningen. Slutligen måste man kunna få det man vill studera att bilda en ren och fin kristall, vilket kan vara rejält meckigt när man har med biologiskt material att göra - och ju större molekyl desto värre blir det. Den mänskliga ribosomen består av totalt fyra RNA-molekyler och 70-talet proteiner - det är alltså en riktigt stor molekyl. Tjugo års hårt arbete krävdes för att Ada Yonath skulle få fram tillräckligt rena, stabila kristaller.

Men utan Thomas Steitz hade det inte räckt hela vägen fram. Han tog hjälp av elektronmikroskop-bilder av ribosomens storskaliga form och placering i kristallen för att kunna tolka röntgenkristallografibilderna, och tog på så sätt fram den första, grovkorniga bilden av hela ribosomen - detaljerad nog att man kunde se RNA-molekylerna. Sedan var det "bara" mer hårt jobb som gällde innan alla tre, Steitz, Yonath och Ramakrishnan, kunde publicera detaljerade tredimensionella strukturer på atomnivå - i princip samtidigt under sensommaren år 2000

Jag minns när bilderna kom, det var otroligt häftigt att se hela maskineriet i detalj (särskilt som jag då dessutom hade gymnasiets biologi och biologibokens tämligen förenklade skisser färska i huvudet). Men det här är inte bara en grundläggande biologisk upptäckt, utan också en potentiell lösning på ett av våra mer hotande medicinska problem: multiresistenta bakterier. Eftersom celler inte överlever utan fungerande ribosomer är bakterie-ribosomer ett möjligt mål för antibiotika. Med formen på ribosomerna klarlagd blir det lättare att ta fram helt nya sorters antibiotika, och därmed försöka hålla sig ett steg framför de allt vanligare antibiotikaresistenta bakterierna.

Länkar
Nobelprisets nyhetsrelease
Nobelprisets populärvetenskapliga information
DN om kemipriset, och Karin Bojs kommentar
Wikipedia om ribosomer och om röntgenkristallografi