tisdag, november 27, 2007

Historien om ett forskningsområdes uppgång

SU:s nyhetsbrev för november innehåller en lång artikel med och om min handledare Anders Lansner (professor på KTH+SU), och om området beräkningsbiologi som är mitt forskningsfält. Rekommenderas för den som vill veta lite mer om vad jag och mina kollegor sysslar med!

Det är också ett stycke forskningshistoria, komprimerat till en person. När Anders började, på 70-talet, var beräkningsbiologi i stort sett ett litet udda forskningomsråde i utkanten. Idag, eller mer korrekt uttryckt under de få senaste åren, är det en annan sak. Det går att få anslag. Det finns ett intresse.

Delvis beror det antagligen på att fältet i stort har släppt det där med neurala nätverk (eller åtminstone lämnat över det till signalanalys-folket) och parametertrixande till förmån för mer realistiska och biologinära modeller och frågeställningar. En minst lika stor anledning är att vi har helt andra tekniska förutsättningar idag; på trettio år har den möjliga storleken på en simulering ökat med flera storleksordningar i och med att datorkapaciteten ökat, så att vi kan undersöka helt andra saker än förr. Samtidigt har utvecklingen av experimentella tekniker gjort att det finns betydligt mer data, och fler sorters data, att använda i simuleringarna - och ett större behov av att simulera för att förstå. Nu har vi beräkningsbiologer möjlighet att göra skillnad. Det är kul.

En viktig faktor var (och är) hemdatorrevolutionen. Fler användare gav lägre priser, allt fler labb skaffade datorer, och modellering som möjligt verktyg blev tillgängligt för en större grupp av forskare (och därmed också sakta avmystifierat).

Det roliga är, att de flesta grundläggande framstegen gjordes för så länge sedan, på 40-, 50- och 60-talet (kort historik). Beräkningskapaciteten tog rätt lång tid på sig att hinna ifatt, och vi är fortfarande långt ifrån där ännu. Om tio år kanske vi kan köra modeller i hjärnstorlek, på en "lagom" detaljerad nivå. Utan spelbranschens tryck på större och snabbare datorer skulle vi inte alls ha samma förutsättningar idag - och PS3:ans Cellprocessorer kan på tal om det ge ett rejält tillskott i prisvärd kapacitet om de körs i ett kluster. Stöd forskningen, köp en PS3:a...

Jag misstänker att andra beräkningsbaserade forskningsfält har liknande historier. Det är rätt fascinerande att tänka på ibland; skillnaden mellan ens första dator och det veritabla fartmonster man har nu, översatt i vad som är möjligt att göra forskningsmässigt. Tänk er skillnaden i grafik mellan ett spel från, säg, slutet av åttio-talet och något av julhandelns senaste släpp. Det är lika stor skillnad för forskningen. Minst.

Andra bloggar om: , , ,

3 kommentarer:

Rune sa...

>> Stöd forskningen, köp en PS3:a...

Check! Finns det några fler coola prylar som man bör köpa för att stödja forskningen? :)

mj sa...

Minns att jag för några år sedan talade med Maria Sundin, som forskar om galaxsimuleringar i Göteborg. Hon menade att de (beräkningsastofysikerna) har högvis med simuleringar i byrålådan väntande på datorer som klarar av att köra dem.

Malin Sandström sa...

Så är det, till viss del, fortfarande för beräkningsbiologerna med. Byrålådesprojekten finns också här, även om ett och annat av dem nog är igång vid det här laget (jag skulle gissa att Blue Brain-projektet är ett sådant). Men jag misstänker att vi närmar oss ett tillstånd där kunskap och data, inte beräkningskapacitet, kommer vara huvudfaktorn i vad man kan göra - eller åtminstone i hur rättvisande resultat man kan få från det man gör.