torsdag, mars 31, 2005
En orsak att inte äta för mycket odlad fisk
Fiskfarmer är har hundratusentals fiskar i förhållandevis "trångbodda" burar (vilket naturligtvis är en utmärkt spridningsgrund för sjukdomar och parasiter). Nu har amerikanska forskare mätt graden av havslusinfektion (eng. sea lice) hos migrerande unga laxfiskar. Studien indikerar att de migrerande fiskarna var så gott som fria från infektion när de började sin resa, men att graden av infektion steg 73 gånger när de passerat en fiskfarm och att halten av havlöss i vattnet var förhöjd så långt som 30 km bort från farmen.
Problemet blir värre av att lössen mognar och förökar sig längs vägen, vilket åtminstone i teorin gör att smitta från fiskfarmer kan spridas väldigt lång väg med migrerande fisk.
Studien har kritiserats för att man inte samtidigt mätte havslushalten på fiskfarmen, men också hälsats som ett stort framsteg inom havsmiljöforskningen.
Att testa en besvärlig teori
Nu har nyazeeländska och brittiska forskare gjort ett elegant experiment som ger stöd åt teorin, rapporteras av Science Now. Det finns jästarter som kan växla mellan sexuell och asexuell förökning, och forskarna manipulerade generna hos en sådan art på ett sätt som gjorde sexuell förökning omöjlig. Den manipulerade jäststammen jämfördes sedan med en normal jäststam av samma art. I förhållanden med enbart begränsad näringstillgång växte stammarna lika fort, men när de utsattes för mer utmanande förhållanden (höjd temperatur och höjd salthalt) växte den jäststammen som kunde föröka sig sexuellt betydligt snabbare (en ökning med 94% jämfört med en ökning med 80% för den manipulerade stammen, siffror från Nature News and Views, se nedan).
Det finns också en "News and Views" i veckans Nature som behandlar detta lite mer i detalj (prenumeration krävs). Där diskuteras bland annat den "dubbla kostnaden" för sexuell förökning jämfört med asexuell: I asexuell förökning produceras bara döttrar, dvs individer som själva ger upphov till nya individer. I sexuell förökning hos mer avancerade arter produceras bara hälften döttrar. I jäst finns inte hanar och honor, så där saknas den dubbla kostnaden.
måndag, mars 28, 2005
Vaccin mot (katt)allergi kan bli möjligt
Med 1,2 miljoner katter i Sverige och ett ungefär lika stort antal kattallergiska människor kan det kanske vara bra i sig. Men det riktigt intressanta är att metodens kärnidé (att koppla ihop ett allergen med en antikropp) kan fungera på många andra allergier - t ex livshotande nötallergi eller bi- och getingallergi. Jämfört med att alltid gå runt med adrenalinsprutor och vara tvungen att vara högst en kort bilfärd från närmaste sjukhus borde det vara en rejäl förbättring.
UPPDATERAT, 31/3: Även Science Now har ett reportage (kräver prenumeration) om detta, och påpekar att det fortfarande kvarstår att visa att man inte så småningom blir immun mot de injicerade antikropparna
söndag, mars 27, 2005
En riktigt cool robot
http://www.engin.umich.edu/research/mrl/urpr/Media.html (den 38 MB stora filen, det är hela 7 min film). Det blir betydligt mer imponerande när man sett det själv än när man bara läser om det.
Tyvärr framgår det inte hur mycket de styr roboten och hur styrningen går till. Om den lyckas göra allt detta med hjälp av bara sensorer är jag imponerad.
onsdag, mars 23, 2005
Mät blodsocker med ... kontaktlinser!
Trots att dagens nålsticksapparater inte är speciellt smärtsamma (jag har provat) tror jag att det här skulle kunna bli en populär metod. Det är rätt många som tycker att nålstick är obehagligt, åtminstone psykiskt, (nu är det ju inte så behagligt att sätta in linser de första gångerna heller, men med lite övning går det smidigt och smärtfritt) och dessutom är den här metoden mer diskret. Teoretiskt sett, så länge det inte är dyrt att blanda i detektor-ämnet i linsen behöver det inte heller bli särkilt dyrt. En av dagens metoder, att sticka hål på fingret, sätta en bloddroppe på en speciell remsa och sedan läsa av den med en mätapparat, är inte heller speciellt billig.
Flera andra, mer sofistikerade varianter utvecklas samtidigt: istället för att hela linsen fluorescerar kan man ha mätpunkter runt kanten av linsen. Punkterna kan även mäta andra saker som salthalt eller ha olika känslighet så att man får en skala av "rött-gult-grönt" som en indikation på hur bra värdet är. Det sistnämnda borde i och för sig gå att mäta enkelt ändå med fluorescensmätapparaten (antingen direkt eller med hyfsat okomplicerad bildanalys), men det diskuteras inte i artikeln.
Artikeln hittade jag via New Scientist (rubriken är en länk dit).
UPPDATERAT: Jag frågade min mamma som är distriktssköterska vad nuvarande metoder kostar. Remsorna kostar cirka 350-600 kronor för 50 stycken, lägg till det stickutrustning och mätapparat (och att flera prover per dag ofta behövs). Även om det blir tio ggr så dyrt att producera linserna som vanliga linser kommer det kunna bli betydande besparingar så länge inte mätapparaten blir mycket dyrare.
tisdag, mars 22, 2005
Sökmotor specialiserad på människor
Nå, fungerar det? Nja, får man väl säga, det beror på vem man letar efter. Antagligen är det främst amerikaner och britter som är indexerade i den första omgången. När jag provar att söka på samtliga anställda på min avdelning på KTH är det bara vår professor som finns (fast han verkar arbeta på Köpenhamns Tekniska Högskola).
Söker man på senaste Nobelpristagaren i medicin, Linda Buck, finns en resumé som stämmer hyfsat med verkligheten och är baserad på många källor. Statsminister Göran Persson finns däremot väl dokumenterad (och anges som "Göran Persson at Sweden") baserat på 549 källor.
Den svensk (eller snarare den person anställd vid "Sweden", för det är så motorn sorterar) som har flest källor, 50 ggr fler än Göran Persson, är dock Hans Blix. Sett som ett mått på mediegenomslagskraft är det intressant. (Vilket leder mig till att leta efter den första kvinnan i listan på anställda vid "Sweden" - tre kvinnor på de första 50 listade, två av dem är amerikanskor)
Så vad ska man använda den till? (om man nu inte är rekryterare, för då är det väl rätt självklart)
a) Lättare hitta _var_ man ska leta efter information om folk - kan man se var de är anställda just nu är det betydligt enklare. Det är inte alls säkert att de första träffarna man får upp i t ex Google är hjälpsamma på den punkten.
b) Ta reda på om personen ifråga är man eller kvinna. Ska man skriva om någon blir det väldigt klumpigt ifall man inte vet om man kan använda "hon" eller "han". Dessutom måste man av någon obegriplig anledning ofta ange kön när man t ex bokar flygbiljetter (jag har blivit ombedd att akut svara på om "Stellan" är ett mans- eller kvinnonamn på grund av just detta, och tillbringat en halvtimme med att ta reda på om en fransk "Dominique" är en man eller kvinna).
c) För att få en bild av hur folk representeras på webben. Givetvis, när man inte vet hur indexeringen går till är det rätt vanskligt att använda som underlag för jämförelser och kanske mer underhållande än hjälpsamt. Men om motorn blir mer allmänt använd är det sannolikt att indexeringen blir bättre.
Om inte annat kan man se det som en påminnelse att vara vaksam med vad man lägger ut på nätet. Man vet aldrig vad som kan dyka upp i ens resumé så småningom.
fredag, mars 18, 2005
Män och kvinnor är mer olika än människor och schimpanser...
Kortfattat kan sägas att skillnaden mellan män och kvinnors genuppsättning är 2%, medan skillnaden mellan människa och schimpans rapporteras vara 1.6 %. Nu är ju inte det den mest intressanta slutsats man kan dra av det här.
Mer intressant är att den "tysta" X-kromosomen inte alls är helt tyst. Mellan 15 och 25% av dess gener (det är 200 till 300 gener) uttrycks ändå, och dessutom i varierande grad. Hur mycket genetisk påverkan en viss gen ger varierar alltså från kvinna till kvinna och kan bland annat ha konsekvenser för sjukdomsförloppet hos flera hundra genetiska sjukdomar. Variationen finns inte alls i samma utsträckning hos män, som bara har en X-kromosom.
Konsekvens: samma läkemedel kan ha högst varierande effekt på olika kvinnor även om det inte har det på män. Mycket läkemedelstestning utförs idag enbart på män. Kanske räcker det inte att testa dem på en grupp kvinnor i vissa fall (som involverar de här generna), utan flera grupper behövs.
UPPDATERAT (5/6 kl 11.24) för att tillägga:
Pga Kalles kommentar nedan började jag göra lite research och hittade detta, om Y-kromosomen
The finding of 78 active genes on the Y contradicts an earlier impression
of the chromosome as being a genetic wasteland apart from its male-determining
gene. But if the Y is not a wasteland, important consequences ensue for the
differences between men and women.
As often noted, the genomes of humans and
chimpanzees are 98.5 percent identical, when each of their three billion DNA
units are compared. But what of men and women, who have different chromosomes?
Until now, biologists have said that makes no difference, because there
are almost no genes on the Y, and in women one of the two X chromosomes is
inactivated, so that both men and women have one working X chromosome.
But researchers have recently found that several hundred genes on the X
escape inactivation. Taking those genes into account along with the new tally of
Y genes gives this result: Men and women differ by 1 to 2 percent of their
genomes, Dr. Page said, which is the same as the difference between a man and a
male chimpanzee or between a woman and a female chimpanzee.
Citatet kommer från en NY Times-artikel som tyärr inte finns kvar i sin helhet online. Här finns NY T:s sammanfattning, här finns artikeln reproducerad.
Själv anser jag att det spelar inte så stor roll om siffran är 1 eller 2 procent. Antagligen är det, med nuvarande DNA-sekvenseringsmetoders noggrannhet, omöjligt att göra en mycket mer exakt beräkning (i allafall utan att ha rätt många hela genom att räkna på). En procent är fortfarande en anmärkningsvärt stor skillnad. Dr Page uttalande ovan tolkar jag som att man faktiskt räknar gener, inte baspar.
Räknar man enbart gener och tar den siffran som något slags mått på biologiska skillnader missar man att olika gener kan ha väldigt olika stort inflytande. Gener - eller snarare deras produkter - interagerar med och reglerar varandra. Det kan vara så att någon av de gener som skiljer män och kvinnor åt har väldigt stort inflytande över andra gener, det kan vara så att de gener som skiljer sig åt inte är funktionellt viktiga. Genetiken är inte ett färdigutforskat område.
tisdag, mars 15, 2005
Med datorn som mikroskop
För att kunna studera vad som händer med oljan i en motor konstuerade några matematiker en modell på atomnivå av zink-dialkyldithiofosfaternas beteende under högt tryck och temperatur. Resultatet: molekylerna länkar ihop sig till ett fjädrande nätverk som lägger sig som ett skyddande skikt på ståldetaljerna i motorn. Skiktet är slitstarkt men mjukare än stålet, och fungerar därför som ett skyddande "skumgummilager" mot hårda stötar.
En annan tillämpning av datormodellering är neurala nätverk. Bland annat är de användbara i
situationer där man har svåranalyserade data som hänger ihop på ett sätt som man inte riktigt känner till. Tanken är att man genom att "träna" nätverken med datamängder och resultatet av situationen man tog datamängden ifrån ska få nätverket att skapa en "intern representation", ett slags inre modell, av hur data hänger ihop med resultatet. Naturligtvis finns det mängder av praktiska fallgropar, men det är en teknik som bevisats fungera i många fall.
Ett fall där man verkligen kan hoppas att tekniken kommer fungera rapporteras om i senaste Ny Teknik: design av en passande "medicincocktail" för en hiv- eller aidspatient. Problemet är att vissa mediciner inte fungerar på vissa patienter, och att två olika personer kan reagera olika mycket på samma medicin. Mängden av kombinationer att prova är stor och växer hela tiden i och med att nya mediciner utvecklas. Förhoppningen är att man genom att lägga in data om hiv-virusets DNA, mediciner patineterna använt och hur de reagerat på behandlingen och sedan låta ett neuralt nätverk leta samband, ska kunna få ett recept på den bästa kombinationen av mediciner för varje patient.
Artikeln i Ny teknik refererar till en artikel i Wired som finns här.
måndag, mars 14, 2005
Bloggies 2005 (Fifth Annual Weblogs Awards)
Att bara överleva är inte tillräckligt
Mängden plack undersöktes när mössen var ungefär 6 månader gamla.
Intressant är att en tidigare studie med ungefär samma upplägg gav motsatt resultat - mössen med den ökade stimulansen fick mer beläggningar, inte färre. Forskare ansvariga för den nya studien säger att den förra studien utsatte mössen för stress, vilket skulle kunna vara en orsak till skillnaden. (Och ärligt talat, vem skulle hellre ha nittio trista år än sjuttio intressanta och upplevelsefyllda, även om den förra studien skulle visa sig stämma mer?)
Det skulle vara ännu mer intressant att se en studie som jämförde möss som fick leva ett "naturligt" musliv med möss som fick leva i bur, och fick leva tills de blev åtminstone ganska gamla. Och jämföra möss som fått ungar och levt i flock med de jämförelsevis 'onaturliga' grupper som uppstår när man sammanför några jämnåriga musungar som kanske inte ens är syskon. Problemet är att ju fler faktorer som införs, ju färre specifika faktorer kan man säga med säkerhet bidrog till slutresultatet.
Något som mycket väl skulle kunna revolutionera Alzheimers-forskingen är en ny metod som gör det möjligt att studera beläggningar i hjärnan på levande möss (via Nature News). Dagens metoder kräver att man avlivar mössen för att kunna studera deras hjärnor vilket naturligvis medför att det man ser är summan av ett helt livs effekter. Med möjligheten att studera levande möss (och därmed göra upprepade studier på samma mus) borde det bli enklare att särskilja effekterna från olika faktorer som miljö, stress och socialt samspel. Metoden bygger på att en substans som kan binda till beläggningarna 'märks' med en fluorförening som inte finns naturligt i kroppen injiceras, och att man sedan med hjälp av MRI (magnetröntgen)studerar om och var substansen binder till hjärnan.
Metoden skulle så vitt man vet kunna användas också på människa, men behöver testas mer för att man ska veta att den är säker. Fungerar det skulle man kunna hitta Alzheimers långt innan personen får symtom - man vet att beläggningarna uppträder 10-20 år innan de första symtomen. Frågan är vem som skulle vilja ta ett sådan test innan man kan bromsa eller bota sjukdomsförloppet.
söndag, mars 13, 2005
Pågående rökning kan ge ökad självmordsrisk
Det är ännu okänt vad den biologiska förklaringen är. En möjlighet är att serotoninhalten i hjärnan påverkas.
Artikeln bakom nyhetsreleasen är publicerad i Archives of Gerneral Psychiatry (kräver prenumeration).
Ekono...fysik?
Det går utmärkt, hävdar några fysiker från University of Maryland. Den slutsatsen kom de till efter att ha analyserat inkomstdata från US Internal Revenue Service från åren 1983-2001. Förutom de riktigt, riktigt rika (ca 3% av befolkningen) kunde befolkningens inkomster beskrivas av samma kurva som beskriver fördelningen av energier hos atomer i en gas. Analogin ger att folk byter pengar i slumpmässiga interaktioner på samma sätt som atomer ändrar energi när de krockar med varandra i en gas. Traditionellt ses individer som intelligenta varelser som alltid gör rationella val, men "ekonofysikerna", som anhängarna av teorin kallas, hävdar att valen påverkas av så många faktorer att resultaten i själva verket är slumpmässiga.
Man vill också dra en analogi direkt mellan pengar och energi: "Money is like energy, in that it has to be conserved." (New Scientist) "It's like a fluid that flows in interactions, it is not created or destroyed, only redistributed" (New Scientist citerar Yakovenko, en av forskarna). Från analogin följer dessutom att det är svårt att skifta en ekonomi "från ett läge till ett annat" (vad New Scientist menar med detta är inte riktigt klart) på samma sätt som det är svårt att få en gas att byta tillstånd i termisk jämvikt.
Det finns rätt många uppenbara hål i den här modellen:
För det första brukar man inte göra av med stora belopp på ett fullt så lättvindigt sätt. En kritiker (Makoto Nirei, makroekonom) säger: "The model seems to me not like an economic exchange process, but more like a burglar process. People randomly meet and one just beats up the other and takes their money." Det är väl inte en helt lyckad analogi. En annan variant skulle kunna vara att låta det beskrivas som en byteshandel där båda parter lägger sina samlade tillgångar i varsin svart sopsäck och byter med varandra - det är knappast ofta en går därifrån med allt, men ett rättvist byte för båda är det sällan.
För det andra är inte alla energiformer/valutaformer likvärdiga, rent användarmässigt. Högvärdig energi som t ex el är mycket mer utbytbar än samma mängd energi som värme, på samma sätt som kontanter har mycket vidare användningsområde än vad t ex en fastighet eller annan materiell tillgång har.
Om det inte vore så sent skulle jag nog komma på mer än så.
Europagemensamma riktlinjer för unga forskares rättigheter
Texten för deklarationen och uppförandekoden finns här (också på engelska).
En av de viktiga punkterna är att doktorandstuderande ska erkännas som yrkesutövare och behandlas därefter. Rättigheter och skyldigheter för både unga forskare och deras handledare definieras, och minimistandarder för träning, anställningsvillkor och socialförsäkringsskydd för forskare med tidsbegränsad anställning på universitet, forskningsinstitut och -laboratorier sätts upp.
Deklarationen kritiseras redan för att vara tandlös och ge lite faktiskt skydd, men förhoppningen är att den ska kunna ge en utsatt yrkesgrupp ett förhandlingsverktyg. Förhoppningsvis leder den så småningom till mer lika villkor för forskare i Europa, vilket antagligen skulle göra det betydligt enklare att byta arbetsplats.
Något som kan vara lite kontroversiellt är att man vill införa en vidare definition av meriter. Istället för att enbart basera bedömningen på antal publikationer (och hur prestigefyllda de anses), föreslår man att även undervisning, handledning, lagarbete, kunskapsöverföring och kunskapsspridande aktiviteter ska räknas in.
Naturligtvis görs detta inte främst i välgörenhetssyfte, utan för att europeisk forskning lider av personalbrist både på kort och lång sikt. Målet är 700 000 nya forskare, en nödvändighet för att kunna konkurrera med USA och Japan.
torsdag, mars 10, 2005
Musikaliska Hjärnspöken
Det finns även korta intervjusnuttar (med de ansvariga för studien) i en nyhetstext om försöket tillgänglig via EurekAlert (på engelska).
tisdag, mars 08, 2005
Schack kanske de klarar, men inte armbrytning (än)
Öl kan motverka cancer
söndag, mars 06, 2005
Smakfulla toner
Speciellt intressant är att behagliga tonintervall också smakar gott, medan mindre behagliga tonintervall smakar mindre gott. Tritonus, som också kallas "djävulsintervallet" och som många musiker avskyr, smakar följdriktigt avskyvärt. Upplevelsen verkar vara ganska konsekvent: en liten sekund och dess omvända intervall en stor septim smakar båda bittert, en stor sekund och en liten septim smakar båda surt. En durters (en stor ters, ger durackordet dess "lyckliga" klang) smakar sött och en mollters (en liten ters, ger mollackordet dess "ledsna" klang) smakar salt, precis som tårar. Mer gåtfullt är att en kvart har smaken av nyklippt gräs och att stor och liten sext smakar som grädde, fast med olika fetthalt...
Via Nature News. DN Vetenskap har en kort artikel om detta där man också kan lyssna på tonintervallen.
UPPDATERING: På Synesthesia finns listor över olika typer av synestesi och hur vanliga de är (sidan är på engelska). Man kan också lyssna på sången "Synesthesia" av The Bobs.
Lakrits som antivirus-medicin
De har tidigare hittat genen som gör det möjligt för celler att hålla virus levande när infektionen är latent (vilande). Om denna gen inte uttrycks - kopieras till proteiner - kan inte den virusinfekterade cellen hålla sig vid liv och både den och viruset dör. Nu har samma forskare upptäckt att glycyrrhizin-syra hindrar genen att uttryckas och därför fungerar som medicin mot latenta virusinfektioner. Medicinen testades på en variant av herpesvirus, men eftersom vilande infektioner har liknande mekanismer hos olika virus hoppas man att den ska kunna fungera i många olika fall.
Via Science News, 1:a mars.