lördag, augusti 13, 2005

Risets genom sekvenserat

Världens viktigaste matväxt, riset, har fått sitt genom sekvenserat. Den mycket tillförlitliga gensekvens (99.999% garanterat rätt) som nu publicerats kommer bland annat förenkla framtagandet av tåligare och mer näringsrika sorters ris. Den kommer också förenkla studierna av genomen hos vete, råg, korn, majs, sorghum och sockerrör som alla är släkt med riset.

Ris är den viktigaste näringskällan för 3 miljarder av jordens befolkning, och står för 20% av världens energiintag i form av mat. 400 miljoner ton ris (motsvarande 5000000000000 svenska "standardportioner" á 80 gram) produceras varje år. Enligt prognoser kommer 4.6 miljarder människor vara beroende av ris för sin energiförsörjning runt år 2025, vilket betyder att risproduktionen kommer behöva stiga med 30%. Jordens risproducerande zoner är ofta hårt pressade och har liten kapacitet att producera mer mat än vad de gör för närvarande. Det är således bråttom att få fram nya sorters ris som ger högre avkastning, och sorter som kan växa där det nu inte är möjligt att odla ris.

Gensekvenseringen har utförts av ett internationellt konsortium, International Rice Genome Sequencing Project, som bildades 1997. 250 forskare från 10 länder (från fyra världsdelar) ingår i projektet, som leds av japanska forskare. Rissorten som använts, Nipponbar, är av arten Oryza sativa ssp. japonica. Enligt resultaten har den 37544 gener - betydligt fler än människan. Å andra sidan har den bara 12 kromosomer. Många av generna finns i två eller fler kopior.

Nu kommer det högst sannolikt bli hård konkurrens om att hitta de viktigaste generna i den information som publicerats. Att genomsekvensen är fritt tillgänglig innebär också troligtvis att flera andra risarter kommer att sekvenseras inom kort. Bland annat kommer de indiska forskare som ingått i projektet nu att fortsätta med att sekvensera 'Indica'-varianten. Man hoppas att resultaten ska garantera Indiens matförsörjning under lång tid framåt.

USA:s ambassad i Japan påpekar också att ris är användbart till mycket annat än mat:
Rice plants provide more than just food. Grain is fermented into wine. Rice straw makes cattle feed, paper, rope and bricks. Rice oil goes into soap and cosmetics, and seed hulls fuel simple stoves and provide packing material for fragile cargo. Even ash from the hulls is useful - it cleans discolored teeth.

Att risets genom var färdigsekvenserat fick jag reda på genom obli.net. Tack, Simon!

Länkar
Projektets webbsida
Cordis News

Foodnavigator
Indian Express
US Embassy in Tokyo
Artikel i Nature (verkar vara fritt tillgänglig)

7 kommentarer:

Simon sa...

Jag diskuterade frågan om risets "överlägsenhet" i antal gener på ett diskussionsforum, då fick jag detta svaret:

"All plantlife has far more DNA than animals. There's a lot of redundancies and 'junk' DNA in plants."

Vad jag fattat av de genetiklektioner jag varit tvungen att sitta igenom så kan väl knappast 'junk DNA' räknas som gener eftersom man inte hittat dess funktion än (om det finns någon)?

Hans sa...

Vilken tur att Monsanto inte verkar vara involverade!
Tyvärr innebär risodling, (som den mesta annan odling) stora monokulturområden (men ibland har man fiskodling i risfälten, skall man våga hoppas på forskning i den riktningen?).
Själv undviker jag ris, liksom andra fröer, jag litar på inte att mina gener tänkt sig att jag skulle äta sådant. Det vore kanske bättre att hitta andra grödor att genförändra för att rädda mänskligheten. Dock tror jag i ett realistiskt och kort perspektiv att den här kunskapen kan bli till mycket stor nytta.

Malin Sandström sa...

Simon: jag har försökt se om de gener som fanns i flera kopior räknades som en eller flera gener. Kunde inte hitta nåt definitivt (tänkte att det annars skulle förklara varför riset hade fler gener än människan).

Och jag undrar verkligen, precis som du, om 'junk DNA' räknas som gener. Jag tror inte det... wikipedia definierar iallafall 'junk DNA' som det av genomet som inte har någon identifierad funktion.

Hans: ledsen att göra dig besviken, men Monsanto är inblandat som sponsor tillsammans med Syngenta (det var i mitt första draft som Blogger åt upp). Vad gäller risets lämplighet som föda misstänker jag (som du antyder) att en stor del av de tre miljarder risätarna är mer bekymrade över att få mat för dagen...

Tobias Lindberg sa...

Simon!

Det enda som räknas som gener är de DNA som kodar för olika proteiner.

"Junk DNA" brukar på svenska kallas nonsens-DNA och det utgörs av allt DNA som varken är gener eller reglerande DNA (reglerande DNA är det DNA som på olika sätt behövs för att reglera genernas uttryck). Många forskare tror att mycket av det vi kallar nonsens-DNA egentligen har vissa funktioner men att vi bara inte har förstått hur det fungerar än.

The Loser sa...

Det här kommer antagligen för sent, men i alla fall... en fråga till Hans, som skrev "...jag litar på inte att mina gener tänkt sig att jag skulle äta sådant".

Vad har dina gener "tänkt" att du skall äta? En Quarter pounder? Eller kanske inget som är stekt, kokt eller tillagat?

Hans sa...

Håkan:
Mina gener har nog tänkt att jag skall äta sådant som funnits tillgängligt för mina förfäder sen långt tillbaka. Frukt, grönsaker, rötter, animaliskt. Tillagad mat - kanske. Men sådant som bara funnits tillgängligt några årtusenden är tveksamt, säd, mjölk.
Alla växter är rädda om sina fröer och hanterar det på olika vis. I frukt och bär är fröerna avsedda att gå oskadda genom "predatorn". Men många fröer är giftiga för att hindra att dom blir uppätna. Bönor kan vi äta först efter att att dom blivit behandlade genom urlakning eller kokning, något troligen som inte kommit i allmänt bruk förrän i senare årtusenden. Säd innehåller proteiner som lurar immunförsvaret, se:
http://www.google.com/url?sa=t&ct=res&cd=1&url=http%3A//www.thepaleodiet.com/articles/Cereal%2520article.pdf&ei=IgsCQ4_8NK2SiALi85Us

Malin Sandström sa...

Håkan, Hans: jag tycker inte riktigt att det hör till ämnet (här handlar det trots allt om risets gener, inte människans). Det där blir säkert en intressant diskussion, men jag skulle uppskatta om ni förde den någon annanstans, på någon av era egna bloggar (eller via mail).