Vetenskapen, allmänheten och webben

I sommar kommer jag vara med och ordna ett seminarium om vetenskap på nätet på vetenskapskommunikationskonferensen PCST i Malmö, tillsammans med Gustav Holmberg (Det Perfekta Tomrummet) och Thomas Söderqvist (delägare i gruppbloggen Biomedicine on Display).

Vårt är ett av 27 seminarier, och dessutom kommer ett stort antal individuella papper att presenteras i parallella sessioner. Det ska bli väldigt kul, och det är otroligt coolt att få vara med!

Konferensen är uppdelad i en förkonferens i Stockholm 23-24/6 ("Public Communication of the Nobel pirzes - the why's and how's") och själva huvudkonferensen i Malmö och Köpenhamn den 25-27/6.

Här följer beskrivningen av seminariet och våra individuella abstracts. På engelska, eftersom det är en internationell konferens (jag har klippt och klistrat både text och foton från Thomas post, med hans vänliga medgivande).

Session abstract: “The Public Engagement of Science and Web 2.0″

In parallel with calls for more public and democratic involvement with science and technology, the theoretical and in some cases empirical basis for studies of science communication has changed. Earlier studies focused on how the cognitive content of science is being communicated to nonexperts. Studies of the mutual interaction between scientists and the larger population (’public engagement with science’), have shown examples of the co-production of cultural understandings of science. Another recent development has been seen on the web, where new technologies facilitating easier engagement (’web2.0′, ’social media’) have enjoyed a wide popularity for years. These technologies are an integrated part of a new landscape of communication, hitherto quite understudied in the literature. This session consists of a three studies that look at the intersection of science and the public on the web.

Gustav Holmberg (Research Policy Institute, University of Lund): “A study of the distributed computing community Folding@home“.

Computer simulation and large-scale data analysis used to be the province of scientists proper. Distributed computing is a kind of public engagement with science that involves large numbers of participants. The worldwide user-base of citizens interested in donating computer power to proteomics and bioastronomy are modern examples of the mutual interaction between scientists and nonscientists. This paper will look into questions such as why people decide to collaborate in the distributed computing projects and analyze the discourse surrounding bioastronomy and proteomics. It will look at how ideas about protein dynamics and bioastronomy are articulated through various participatory platforms: weblogs, computer fora, wikis, YouTube videos and the Folding@home software. The paper also analyses the flow of skills from subsets of the user pool into the core of the distributed computing project, suggesting that a group of users have knowledge about the intricacies of software technologies that have been useful in the evolution of the Folding@home project.

Malin Sandström (Computational Biology and Neurocomputing, Royal Institute of Technology, Stockholm): “Beyond the “cool stuff”: science blogging as a democratic tool”.

Traditionally, media’s reporting of non-medical science rests on small numbers of articles published in a few major journals; with a heavy emphasis on the “cool stuff” and framed in ways that are poorly adapted to science reporting. The common use of the scientist as an impersonal expert does little to foster interaction between science and the public. In contrast, blogging leaves the choice in the hands of the bloggers, who can decide for themselves what to say, how and when. Blogs are by their nature personal and interactive, making the medium an attractive platform for contact between scientists and laymen. Outside of the scientific world, access to published research is very limited: few people can afford expensive journal subscriptions and don’t have the language skills required. Scientists blogging in their native language can do much to alleviate this gap. Furthermore, science blogging – especially interactions between bloggers - can incorporate and spread other underreported fundamentals of the research process, such as patterns of reasoning.

Thomas Söderqvist (Medical Museion, University of Copenhagen): “Science blogging between Empire and Multitude”.

Within a few years, science blogging has emerged as a new genre for science communication. But is science blogging really best understood in terms of ’science’ and ‘the public’? Or does the phenomenon of science blogging suggest other dichotomies? This paper argues that ’science communication’ is better conceptualized in terms of ‘Empire’ and ‘Multitude’. Science is financed and managed by a network of national and transnational state organisations and corporations, while the overwhelming number of laboratory and field workers constitute a global knowledge proletariat. These different positions in the global ’scientific field’ entail two different domains of communication practices which correspond, roughly, to the cultures of ‘Empire’ and ‘Multitude’, respectively.

Länkar
PCST-10
Seminarier på PCST-10

Andra bloggar om vetenskap, forskning, populärvetenskap, konferens, PCST

Arthur C Clarke 1917 - 2008

Den brittiske science fiction-författaren och visionären sir Arthur C. Clarke har avlidit i sitt hem på Sri Lanka, drygt tre månader efter sin 90:e födelsedag.

Bloggosfären och media kommer sannolikt vara fulla av texter idag, men jag vill ändå passa på att peka er i riktning mot New York Times långa och detaljerade minnesruna. Och i december skrev jag en gästpost om Clarke på Populär Astronomis blogg, för att uppmärksamma hans 90-årsdag.

Andra bloggar om clarke, science fiction

Vetenskap och upphovsrätt

Mamakademiker är irriterad över att upphovsrätten för bilder och illustrationer från vetenskapliga artiklar krånglar till det för den som vill ägna sig åt forskningens kärnverksamhet - att citera och referera till andra forskares resultat.

"Det mest absurda med situationen är att referering är hårdvaluta inom forskarvärlden. Ingen av oss får någonsin betalt för att skriva en artikel, det är knappt att man kan ta av sin egen lön och göra det på arbetstid. Det finns inga monetära intressen hos forskaren att låna en bild. Däremot kan lånet om det medföljs av en tydlig referens vara den bästa sortens betalning för upphovsforskaren. Särskilt när allt fler sökmotorer listar hur ofta man blir refererad och omnämnd i andra forskares verk. När jurister då slår in dörren och börjar vifta med upphovsrätten blir situationen absurd. När man betänker att detta förfarande aktivt hindrar forskning och jämförande analyser blir det än värre - rent kontra-produktivt."

Alltsomoftast innebär publiceringen av en artikel att tidskriften ifråga äger figurer och illustrationer - inte forskaren som producerat dem. Vad man får göra med sina "egna" figurer efteråt varierar, men i de flesta fall måste en utomstående som vill använda en figur höra av sig till det förlag som äger tidskriften och be om skriftligt tillstånd (inte till forskaren som producerat materialet). Idealiskt sett ska det gå snabbt, ibland tar det dagar, veckor eller månader (Wiley, en av giganterna i branschen, anger en snitt-tid på 9 veckor för besked). Inte blir det lättare av att bestämmelser som "fair use" och "fair dealing" är nationella, medan forskningsvärlden är synnerligen global.

Röran skulle kunna förvirra vem som helst, och forskare är generellt sett inte upphosrättsexperter. Resultatet är att många undviker att använda andras bilder, eller använder dem ändå och hoppas på det bästa. Spåren syns lite överallt:

När jag skrev min lic-avhandling gjorde jag alla figurer själv, förutom ett par som fanns under GNU-licens. Dels för att slippa ge mig in i upphovsrättskarusellen, dels för att jag inte hade tid att vänta månader på besked och dels för att det är bra att ha lite figurer som man vet att man äger rättigheterna till.

När vi skulle göra informationsbroschyrer och webbsidor för mitt EU-projekt visade det sig i princip omöjligt att få tag på bilder från de experimentella forskarna utan att behöva vänta månader. De bilder de hade var "inlåsta" i publicerade artiklar.

När jag har gått doktorandkurser med föreläsningar som hållits av arbetande forskare har vi i många fall inte kunnat få ut föreläsningsmaterialet, eller så har vi fått det enbart i pappersform (=omöjligt att söka i, vilket är opraktiskt för stora mängder text). Främst för bildernas skull.

Att hinna göra presentationer så långt i förväg att man hinner få svar på begäran om att få använda en bild är i stort sett omöjligt. Jag gör mina egna bilder även här (om inte annat så återanvänder man oftast en Powerpoint-slide igen och igen - hur ber man om tillstånd för det?).

Och när jag bloggar... ja, när såg ni senast en vetenskaplig figur här? Jag avstår ofta från att använda figurer även när jag tror det skulle kunna vara användbart (möjligtvis med undantag för illustrationer som funnits i nyhetsreleaser, där det framgår att det är OK). Att be om tillstånd och vänta flera veckor är ofta inte ett alternativ. Även om det slutade väl har jag ingen önskan att uppleva något i stil med vetenskapsbloggaren Shelley Batts dispyt med Wiley. Nog är risken liten, men den existerar.

Jag har ännu inte behövt ge mig in i den snårskog som publicering av "preprints" och vad det gör för ens senare publiceringschanser. Men den dagen lär komma, och jag ser inte fram emot det.

Jag har inte heller funderat på att publicera mina resultat i någon form av wiki. Det har däremot Jonathan Oppenheim, som bad om ett licensavtal förenligt med att lägga ut sina resultat under GFDL - med resultatet att renommerade fysiktidskriften Physical Review Letters drog tillbaka de två av Oppenheims artiklar som de hade accepterat.

Det finns ljuspunkter. Nature har numer en hyfsat vettig policy för vad författare får göra med sitt material, och flera stora tidskrifter har börjat använda sig av automatiserade ansökningar om återpubliceringstillstånd, t ex via Rightslink (se exempel från Elsevier här). APS som publicerar Physical Review Letters ska se över sina rättighetsavtal efter att 38 fysiker protesterat.

Andra bloggar om vetenskap, forskning, upphovsrätt

Pi-dagen!

Idag är det den 14/3, eller 3.14 med amerikansk datumskrivning, och således är det pi-dagen. Jag har skrivit om det förut.

Eftersom jag gillar matematik och musik i förening vill jag passa på att puffa lite extra för Kompetensfondens "resa med pi i ord och ton", som låter som en potentiellt cool föreställning.

Andra bloggar om: vetenskap, matematik, pi, pi-dagen

Röd fotbollströja ger fler vinster

Idrottare som bär rött vinner oftare än de som inte gör det. Effekten gäller inte bara individer, utan även hela lag. Det uppger forskare som har studerat engelska fotbollslag.

I ett uppmärksammat Nature-papper 2005 (se Vetenskapsnytt 19/5 2005: En vinnande strategi att få opponenten att se rött) beskrev samma forskare hur OS-tävlande som fått sig en röd dräkt slumpmässigt tilldelad (snarare än en blå) verkade få en fördel - de vann helt enkelt oftare.

Frågan var vad som händer på lagnivå; om laget som bär rött har en fördel gentemot det ickeröda laget. Därför gick forskarna igenom matchstatistiken för engelska fotbollslag från 1947 till 2003, och jämförde den med hur rödtröjade lag klarade sig gentemot andra.

Över denna period har lag som spelar i röd tröja statistiskt sett klarat sig betydligt bättre än andra lag. Eftersom hemmamatcher men inte bortamatcher spelas i lagets egna färger (oftast) gick det att räkna bort skillnader mellan lagen i sig, och titta på färgens inflytande. Även andra färger hade en viss rangordning: efter rött i effekt kom blått, sedan vitt och sist gul-orange (andra färger var så pass ovanliga att de inte ingick i analysen).

För att kunna se om röda lags resurser snarare än tröjfärg förvred resultaten jämförde forskarna också lag i städer som hade två större lag, ett rödtröjat och ett i annan färg: Liverpool, Manchester, Bristol, Nottingham, North London, SE London, Sheffield och Stoke. I samtliga utom Sheffield låg det röda laget bätter eller betydligt bättre till.

Förklaringen till varför rött verkar ge en fördel är mindre klar. Forskarna spekulerar i sådant som bättre synlighet, eller negativa hormonella effekter på motståndarlaget, men saknar en tydlig grund.

Länkar
artikeln (Journal of Sports Sciences, pren. krävs)
den tidigare Nature-artikeln (pren. krävs)
artikel i brittiska The Telegraph
SR Vetenskapsradion (ej direktlänk)

Andra bloggar om vetenskap, forskning, psykologi, sport, färg, rött

Nötter på Taffel

Idag har jag en artikel om nötter på Taffel.

Amning och alkohol

Jag är alldeles fascinerad över uppståndelsen kring Livsmedelsverkets nya förslag till amningsråd. Både de många (oftast ilskna) blogginläggen och artiklarna: DN, SvD, Allt om Barn...

Mycket av min fascination gäller den genomsnittliga personens uppenbart totala oförmåga att ha en rationellt baserat åsikt om något så emotionellt laddat som kombinationen av alkohol och moderskap. Om det kan man säga mycket, men kanske inte just här och nu - det är varken nytt eller särskilt vetenskapligt intressant (läs mina Taffel-kollegor Isobel och Gitto istället, och kanske SvD:s Inger Atterstam).

Som en rationell person kapabel att få barn, och med flera gravida vänner, stör jag mig däremot på att länken mellan Livsmedelsverkets råd och den vetenskap de (förhoppningsvis) är baserade på är så vag - jag vill se referenser, och en explicit bedömning utifrån de referenserna med motiveringar!

Det lär ju inte hända, så istället får man leta själv. Jag har därför ägnat en bit av kvällen till att gräva igenom Journal of Human Lactation:s arkiv, och i sammanfattning lärt mig ungefär detta* om amning och alkohol:

*45% av USA:s vuxna befolkning anser att ammande kvinnor blir tvingade att göra alltför många negativa livsstilsval; att välja bort sådant som diverse maträtter, rökning och alkohol [1]. Bland de tillfrågade sågs det som den största nackdelen och ett betydligt större problem än "riktiga bekymmer" som påverkan på det sociala livet eller de ökade svårigheterna med att gå i skolan eller arbeta.

*Mängden alkohol i en kvinnas bröstmjölk blir relativt snabbt samma eller något högre som den hon har i blodet; toppkoncentrationen inträder 30-60 minuter efter intaget av alkohol och klingar sedan av [2][3]. Det gäller om man dricker på tom mage; tiden är 60-90 minuter om man äter samtidigt[3].

*Hur snabbt alkohol metaboliseras (bryts ner) beror förstås på kroppsvikten. Men det beror också på östrogenhalten i kroppen; under lågöstrogena perioder (som precis innan mens, under menopausen eller under den del av amningen då man inte har mens) blir man, enkelt uttryckt, fullare på samma mängd alkohol [2].

*Ett stort samtidigt intag av alkohol (60-90 g vid ett tillfälle) kan verka blockerande, så att ingen mjölk släpps fram [3]. Anledningen verkar vara att alkohol sänker halten av oxytocin.

*Nyfödda barn bryter ner alkohol långsammare än vad vuxna gör; under de fyra första veckorna är hastigheten ungefär hälften av en vuxens, och levern är inte färdigutvecklad förrän barnet är ca tre månader [2].

*Alkohol (mängd motsvarande en drink) kan påverka lukten/smaken på mjölken, och i den enda studie som verkar ha gjorts drack spädbarn mindre mjölk (runt en fjärdedel) efter att deras ammande mor druckit en drink precis innan [3] (men en hänvisning till [4]).

*Vill man ta sig en drink men ändå undvika alkohol i bröstmjölken får man ta till lite huvudräkning - och kankske förbereda sig genom att pumpa ut och lagra bröstmjölk innan. En liten ungefärlig tabell för hur lång tid det det tar för kvinnor av olika vikt att metabolisera alkohol (direktöversatt från [2] som har en amerikansk författare, därav de något märkliga måtten)

# drinkar 45 kg 54 kg 64 kg 73 kg
---------------------------------------------------
1----------3.1----2.6----2.2----1.9
2----------6.2----5.2----4.5----3.9
3----------9.3----7.8----6.7----5.8
4---------12.4---10.4---9.0----7.8
All tid angiven i timmar. En "drink" definieras som 4.4 cl 43%-ig sprit.

*Anderson i ref 3 skriver "I currently recommend that they not nurse for at least 2 hours per drink [...] This minimum time period does not ensure complete elimination of alcohol from the milk, but it will be well past its peak level"

Kontentan: Nu är Sverige inte USA, men om vi på liknande sätt har en stor andel kvinnor som inte kommer amma (eller slutar tidigt) för att det innebär för stora begränsningar i deras val är det ett större problem än om en och annan spädbarnsförälder tar sig ett enstaka glas vin då och då. Alkohol bryts ner av kroppen, även om man ammar - något som få av alarmisterna verkar komma ihåg. Oavsett om man tror att små mängder alkohol i mjölken (filmjölksnivå) påverkar barnet eller ej: några timmar efter ett glas vin finns ingen alkohol kvar i kroppen, och då förvandlas det hela till en moralisk och möjligtvis sociologisk fråga snarare än en vetenskaplig. Det är inte Livsmedelsverkets område.

Dubbelpublicerat till Taffels redaktionsblogg Kort om gott.

Referenser:
[1] Li et al. "Public Perceptions on Breastfeeding Constraints" J Hum Lact 18 (3): 227. (2002)
[2] Schulte "Minimizing Alcohol Exposure of the Breastfeeding Infant" J Hum Lact 11 (4): 317. (1995)
[3] Anderson "Alcohol and breastfeeding" J Hum Lact 11 (4): 321. (1995)
[4] Menella et al "The transfer of alcohol to human milk" New England Journal of Medicine 325(14):981-5 (1991)

Andra bloggar om: vetenskap, forskning, medicin, amning, alkohol, moralpanik

*Det finns säkert mer att lära sig, men åtminstone jag blev klokare på kuppen redan av så lite. Jag vill för tydlighetens skull påpeka att jag inte försöker ge någon några som helst medicinska råd - det här är en sammanfattning för eget intresses skull och senare referens.

Rymdspel i Populär Astronomi

Jag och sambon har tillsammans skrivit en spelrecension av Super Mario Galaxy, för vårnumret av Populär Astronomi. Enligt redaktören Robert Cumming, aka Astromalte, är det tidskriftens första spelrecension någonsin. Den fick till och med en liten puff på omslaget.

Som ett oavsiktligt komiskt sammanträffande finns även sambons mor med på bild i samma tidning, i en (mycket bra) artikel om/av kollegan och Kirunaprofessorn Stas Barabash. Världen är liten*!

Andra bloggar om: rymden, populär astronomi, spel

*Ett ytterligare bevis för världens litenhet är att Barabashs fru för länge, länge sedan blev biten av min sambos hamster.

Chilihetta på Taffel

Jag har varit alldeles fascinerad av stark mat ändå sedan jag insåg hur det går till när kroppen uppfattar något som starkt. Jag har bloggat om det förut i småbitar här och där. Idag har jag en artikel om heta kryddor uppe på Taffel.

Nobelpristagaren Buck drar tillbaka luktartikel i Nature

Nobelpristagaren Linda Buck drar tillbaka en artikel från 2001 i Nature efter att hennes forskningsgrupp misslyckats med att återskapa och bygga vidare på resultaten.

Artikeln ingår inte i det arbete som Buck fick Nobelpriset för 2004 (i medicin eller fysiologi). Tillbakadragandet trycktes igår i Nature, tillsammans med en lista över vilka av artikelns författare som gjort vad. Dåvarande post-doc:en Zhihua Zou, nu assistant professor (motsvarande docent) vid UTMB, uppges som ensam ansvarig för data och figurer i pappret - indirekt anklagas han således för fusk eller grovt slarv eftersom problemet med artikeln är "inconsistencies between some of the figures and data published in the paper and the original data" (citat ur tillbakadragandets text).

Artikeln gås nu formellt igenom av en kommitté från Harvard Medical School där forskningen utfördes. Buck uppges även ha gett Fred Hutchinson Cancer Research Center, där hon nu arbetar, i uppdrag att på liknande sätt gå igenom de två andra artiklar som Zou var förstaförfattare på under sin tid som post-doc.

Zou har inte uttalat sig någonstans. Han uppges enligt en talesperson på sitt universitet vara besviken men ha gått med på tillbakadragandet, och nu vara sysselsatt med att gå igenom över 1000 bilder för att hjälpa till med genomgången av den tillbakadragna artikeln.

Vad luktcortex egentligen gör och hur det går till är i stort sett fortfarande en öppen fråga, efter över 100 års forskning på lukt. Det säger något om hur svårt det är att besvara den på ett effektivt sätt. Bra experimentella papper på cortexnivå - den nivå som det tillbakadragna pappret rör - är ytterligt sällsynta, och de papper som Zou har varit med på är (eller var?) i mitt tycke bland de bästa. Åtminstone sett ur en modellerares synvinkel, som säkert kan skilja sig en del från en experimentalists.

Vad som verkligen hänt, och hur felaktiga forskningsartikelns slutsatser är, kommer inte vara utrett än på ett tag. Men nästan oavsett vad som hänt så är det sorgligt; för fältet som helhet, för de inblandade personerna. All den tid som gått till spillo, och de stackare som (förgäves?) arbetat på att replikera och bygga vidare på resultaten.

Länkar
Tillbakadragandet
Ursprungsartikeln (pren. krävs för fulltext)
Nature News
New York Times
Boston Globe

Andra bloggar om: vetenskap, forskning, lukt, forskningsfusk, Nature

Språket färgar synintrycken?

Nature News har en intressant text om hur språket påverkar uppfattning av färger - att det faktiskt verkar som processen att lära sig ett språk "flyttar" behandlingen av färg i hjärnan från höger hjärnhalva (som små barn använder för att behandla färginformation) till vänster hjärnhalva (som vuxna använder för samma uppgift).

Artikeln finns i PNAS (eller ska finnas under veckan), och jag hinner tyvärr inte läsa den nu. Men det fick mig att fundera lite över vad språk egentligen är, bortsett från ord.

Samtidigt som vi lär oss ord lär vi oss också att sätta mentala "etiketter" på det orden beskriver, och att dra gränser mellan vad orden beskriver eller inte beskriver. En del av språkbehandlingen i hjärnan är rimligen ren kategorimatchning - och kategoriernas gränser borde bero på vilka andra, tävlande kategorier som finns. Inte särskilt konstigt då att det är svårare att namnge "krångliga" fäger som rosabeige, jämfört med primärfärger som rött och grönt. Kategorin "rött" är betydligt mer väldefinierad.

Forskarna som Nature News talar med säger att svårigheten beror på att testpersonerna "kämpar med att hitta ord". Som hjärnmodellerare/-teoretiker vill jag istället beskriva det som att flera attraktorer i hjärnans nätverk kämpar om att få representera samma (tvetydiga) stimulus. Det är inte motsägande sätt att se på fenomenet, bara annorlunda beskrivningar.

Det jag vill komma till är att det är viktigt att se hjärnan i ett sammanhang med den miljö den vistas i. Kategorierna för färg - eller definitionsområdena för orden för färgerna - formas av informationen hjärnan har tillgång till. Den som har olika ord för ljusblått och mörkblått har rimligen också lärt sig att sätta en gräns emellan dem på ett tydligare sätt än den som bara kan lägga till den modifierande beskrivningen "ljus-" och "mörk-" framför samma ord.

Jag tror inte det är orden i sig som är viktiga, utan snarare det att man under inlärningen av orden lär sig att kategorisera och dra gränser mellan kategorierna. Att rysktalande (som har olika ord för ljust och mörkt blått) är bättre på att skilja mellan de två nyanserna är därför inte ett dugg märkligt; det konstiga vore om det motsatta skulle ske.

Länkar
Nature News (om nya PNAS-studien)
Nature News (om språk och uppfattning av blått; kräver prenumeration pga att det är en äldre artikel)

Andra bloggar om: vetenskap, forskning, hjärnan, språk, färg

Genvägen till bättre vin

Jag har en artikel i DN Vetenskap idag, om vinforskning med intriktning på genetik. Den var väldigt rolig att skriva, rubriksättaren har gett den en smått vitsig rubrik och bäst av allt - den ligger faktiskt ute på nätet.

Tvärvetenskap gör sig bra i workshop-format

Jag har just kommit hem från en workshop (ett vetenskapligt möte) som jag och min handledare ordnat, inom ramen för GOSPEL, det EU-projekt som min forskning tillhör.

Eftersom det här var den sista workshopen av sitt slag inom projektet - en "integrerande" workshop där deltagarna forskar på teknik, biologi, teori eller praktik inom luktområdet - fick vi budgetutrymme för att bjuda in några icke-europeiska talare (inbjudna talare får sin resa och vistelse betald, så att ta in någon långt bortifrån kostar mycket mer).

Enda haken var att vi blev tillfrågade om att ordna workshopen i november, och det är inte en direkt generös mängd med tid när man ska börja med att leta talare och bjuda in dem. Med facit i hand blev det ändå riktigt bra, även om åtminstone jag hade några nervösa tillfällen tidigare i år för att vi fortfarande inte hade alla talare på plats. (Här är talarlistan, om någon är nyfiken)

När man blandar talare (och lyssnare) från många olika fält är det särskilt viktigt att lyckas engagera personer som är både pedagogiska och underhållande; annars somnar åhörarna, och diskussionen på slutet uteblir. Fast goda talare är viktiga oavsett (det här är vad de talade om), och vi fick ihop en riktigt bra grupp.

Det viktigaste av allt - åminstone det roligaste - är pauserna; det är då man får möjlighet att diskutera och bolla idéer, eller fråga om någon intressant detalj i presentationen som nyss avslutades. Och när det gäller tvärvetenskapliga blandningar av folk verkar workshop-formatet komma allra mest till sin rätt - det är lätt att fråga och diskutera, och man åker hem med huvudet fylld av ny kunskap och nya idéer. Kanske fröna till ett nytt projekt, eller ett planerat samarbete om en artikel.

Platsen är naturligtvis också viktig. Det ska vara lätt att ta sig dit och tillbaka, och det ska vara trevligt att vara där. Vi fick möjlighet att dra ut våra deltagare på landet och dessutom nära Arlanda; vi var på Skokloster Wärdshus. De flesta workshops är i en storstad någonstans, så det verkade som om miljöombytet var uppskattat (det var dessutom jättevackert där ute redan i gråa februari, så jag måste nästan åka dit igen i maj eller juni).

När jag har landat lite blir det förhoppningsvis ny fart på det just nu erbarmligt sporadiska bloggandet.

Digitala forskningsartiklar mindre pålitliga?

Jag kompletterade nyss en enkät på Natures hemsida, med en standardbunt av frågor som "hur ofta, på en skala, läser du tidskriften XYZ?", prenumererar du, vad tycker du om den... och så vidare. Det mesta antagligen riktat till icke-forskande läsare, eftersom jag har svårt att tro att Nature Publishing Group ser New Scientist och Scientific American som allvarliga konkurrenter om den akademiska biten av läsarkretsen.

Och så ett fåtal frågor som faktiskt fick mig att studsa till, inför den något gammalmodiga syn som de representerar. Variationer på:
"Anser du att artiklar online är mindre pålitliga än artiklar i tryck?"

Samma text och bilder som passerar genom samma reviewprocess. Det enda som skiljer är formatet - papper gentemot html och pdf. Ändå är det rimligen ett problem någonstans, eller åtminstone ett problem som enkätens författare tror existerar (vilket är nästan lika illa). Tanken på att någon läsare av Nature - eller någon ansvarig på Nature - inte skulle kunna skilja på formatet och innehållet på ett så grundläggande vis känns deprimerande stenålders.

Digitala artiklar är sökbara. De är bärbara och lagringsbara: jag kan lätt ta med mig flera hundra på min enkilos laptop. Jag kan printa en digital artikel och skriva kommentarer i marginalen, utan att förstöra läsnöjet för andra som delar på samma prenumeration. Jag kan leta rätt på och ladda ner en digital artikel på mindre än en minut, istället för att lägga en timme på att gå till biblioteket, leta i hyllorna och köa vid kopiatorn. För att inte tala om hur lång tid det tar för ett pappersnummer av godtycklig vetenskaplig tidskrift att ta sig postledes från USA till hyllan på min institution, jämfört med att jag kan bläddra igenom den digitala versionen av samma tidskrift några ynka minuter efter att den släppts.

Utanför forskarvärlden är det kanske svårt att förstå vilken skillnad det innebär att de vetenskapliga tidskrifterna alltmer går över till digitalt format. Inuti forskarvärlden är det uppenbart: glansiga tidskrifter samlar damm på hyllorna medan forskarna har pdf:er i drivor (och tillhörande databaser eller register) på datorerna.

Vore Nature en smula mer framsynta skulle de istället koncentrera sig på att förbättra den digitala upplevelsen. Tyvärr kom jag inte på förrän efteråt att jag i den avslutande kommentarsrutan för vad jag vill se tillsammans med en digital artikel borde ha skrivit "länkar till bloggkommentarer".

Nåja. Det lär komma betydligt fler enkäter innan något sådant blir verklighet.

Andra bloggar om: vetenskap, forskning, Nature, tidningar, digitala medier

Köket är hemmets livsfarliga hjärta

Jag har sedan nyss en artikel om köksskador uppe på Taffel.

Och jag har läst och läst och läst skaderapporter som research (medicinska artiklar, en hel del av det). Små barn som bränner sig på pannkaksjärn under årliga Pannkaksdagen. Folk som kastar pumpor med katapulter och olyckliga följder. Och en hel del gräsligheter som varken finns här eller i artikeln, annat än i undertexten - låt oss säga att jag är väldigt glad att slippa laga mat på kerosenspis fotogenspis, numer.

Samtidigt finns det möjlighet att dela med sig av sin värsta köksolycka på redaktionsbloggen Kort om gott.

Andra bloggar om: medicin, olycksfall, mat, köksolyckor, taffel

Soundet sitter i svalget för saxofonproffsen

En saxofon har två och en halv oktavers omfång - på pappret. Med rätt teknik kan man locka fram en hel del toner till ovanför den "officiellt" översta. Och rätt teknik, enligt en artikel i senaste Science, är att forma munhåla och hals till att ge rätt resonansfrekvenser - de som matchar tonens frekvens. Därmed sätter de punkt för flera decenniers debatt.

Tekniken eller tonerna - ibland båda - brukar kallas altissimo, och har för många saxofonister en klar "proffsstämpel": det anses bara vara riktigt duktiga musiker som klarar av det. Åtminstone när jag spelade sax var altissimo en av de saker som skilde ut de som var på väg att bli proffs från oss övriga.

Därmed finns det också en hel del mystik och stalltips kring själva spelandet. Speciella fingersättningskartor (ofta olika för olika märken på saxofoner), olika sätt att tänka, varianter av att flytta på tunga och tänder. Ju större instrumentet är desto lättare är det att locka fram de första bonustonerna, det är dock något som många är överens om. Och i tipsen återkommer ofta vikten av att tänka på tonen eller forma tonen i huvudet (något som rent allmänt är en bra idé, i och för sig, men som också kan tänkas påverka vad man gör med sina hals- och svalgmuskler).

Vad som är viktigt eller inte för altissimo-toner har debatterats också av forskare, men eftersom det är attans svårmätt (hög ljundintensitet, i munhålan som inte precis är det mest praktiskta stället, samtidigt som testpersonen ska spela normalt) har ingen testat det experimentellt - förrän nu.

Forskarna lät fem proffs och tre amatörer spela toner på saxofon, och mätte samtidigt resonansfrekvenser i talröret (enkelt uttryckt, "allt efter stämbanden") med hjälp av ett specialbyggt saxofonmunstycke. För toner i saxofonens normala omfång fanns ingen relation mellan munhålans form och förmåga att ta toner, och proffs och amatörer klarade sig vetenskapligt sett ungefär lika bra. I altissimo-området, däremot, fanns en klar relation mellan munhålans resonansfrekvenser och de toner som gick att locka fram på instrumentet - och där var det bara proffsen som klarade att spela.

Den tekniska förklaringen är att utan munhålans hjälp blir den akustiska impedansen för de höga extratonerna för svag relativt den akustiska impedansen för den vanliga ton man normalt får med en viss fingersättning - och då tar den vanliga tonen över. Genom att forma om talröret stärker saxofonisten den akustiska impedansen för den önskade tonen så att den hjälps fram istället. Sannolikt sker det omedvetet; inget av proffsen i studien uppgavs veta exakt vad de gjorde (annat än hur rörelsen skulle kännas).

Liknande teknik lär vara nödvändig för de ljusaste tonerna på andra enkel- och dubbelrörsinstrument, tror forskarna. Och det visar väl vad varenda blåsinstrumentalist med självaktning vet: tonen börjar långt innan den når instrumentets munstycke.

Länkar
Artikeln i Science (pren. krävs), kopia här via forskarna.
Forskarnas webbsida med information om hur det gick till
Youtube-film om experimentet, med doktoranden som gjort forskningen och en (helskön) proffssaxofonist
Saxofonister diskuterar artikeln
En halv artikel om den kanske förste altissimo-saxofonisten.
Wikipedia om saxofonen och om saxofonteknik

Inga utvandrarlöss

Columbus tog inte med sig huvudlöss till Amerika; de fanns redan där. Det rapporterar en forskargrupp i vetenskapliga tidskriften The Journal of Infectious Diseases.

Det finns tre sorters huvudlöss - A, B och C - varav två är vanliga. Typ A-löss begränsar sig inte till att leva på huvuden utan kan hittas på hela kroppen. De finns världen runt. Typ B-löss finns i Amerika, Europa och Australien, och där båda sorterna finns har man hittat löss som bär på kännetecken från både A och B . Typ C har bara hittats bland huvudlöss i Nepal och Etiopien.

Mänskliga huvud- och kroppslöss går dit människan går. Finns det olika sorters löss bör de ha utvecklats i separata grupper människor, och ser man att en lus har förfäder från fler än en sort - ja, då borde även lössens förfäders människor ha kommit från olika grupper, och sedan träffats. En snygg teori för lusspridningen har därför varit att löss av typ A kom till Amerika med Columbus.

Forskarna samlade gamla löss från håret på huvuden från två naturligt mumifierade, runt 1000 år gamla personer funna i extremt torra ökenområden i södra Peru. De studerade lössens DNA i ett sekvenseringslabb där inget tidigare jobb på löss hade utförts, och dessutom i ett annat labb som en extra koll - det gäller att vara försiktig när man sysslar med gammalt DNA.

Lössen visade sig vara av typ A, och därför är den enklaste förklaringen att typ A-löss fanns över hela världen redan innan Columbus seglat iväg. Kanske hade han däremot med sig tyfus tillbaka; det finns teorier om att epidemisk tyfus uppstod när spanska kroppslöss (medpassagerare på spanska soldater som kom med Columbus) träffade på bakterien Ricksettsia prowazekii i eller omkring Mexico och tog med den tillbaka.

Vilken sida av Atlanten som först hade typ B-löss är däremot ännu oklart.

Läs mer om löss: Vetenskapsnytt 8/3 2007: Vi människor fick våra flatlöss från gorillor

Andra bloggar om: vetenskap, forskning, människan, historia, Columbus, löss

Länkar
artikeln (The Journal of Infectious Diseases, pren. krävs)
artikel i New York Times

Gästblogg: Att se en galax i en fågelflock

I utbyte mot mitt gästinlägg om Arthur C Clarke har jag fått ett gästinlägg från Populär astronomis redaktör Robert Cumming (aka Malte).

En bekant berättade häromveckan hur hennes trädgård blivit anfallen av en gigantisk flock fåglar, och hennes tankar hade gått till Hitchcocks skräckklassiker Fåglarna. Kajor var det säkert, och tänkte tillbaka till en flock på uppemot tusen stycken som jag tittade på med skräckblandad förtjusning i Hallsberg fär några år sedan. Ni som bor i kajornas huvudstad Uppsala vet säkert vad jag menar.

De kanske mest spektakulära och akrobatiska fågelflockarna står dock lilla staren för. Staren är en flyttfågel som bor i Sverige bara på sommarhalvåret; några stycken häckar i skogen nära där jag bor. När stararna samlar sig för att hitta rastplatser för natten kan de bilda flockar av häpnadsväckande storlek, med upp till 50000 individer (svensk rekord verkar enligt en sökning på Svalan vara minst 40000 den 30 juli 2007 på Öland). De flyger runt rastplatsen i hisnande, föränderliga formationer som ständigt ändrar skepnad. Kolla till exempel engelsmannen Dylan Winters fantastiska 5-minuters dokumentär på youtube för några exempel.

Nu i veckan rapporterade brittiska Guardian om STARFLAG, ett tvärvetenskapligt forskningsprojekt som undersökt hur i hela fridens namn stararna klarar av sin galna aerobatik utan att nånsin krocka med varandra. Man har gjort 3-dimensionella datamodeller — animeringar finns på projektets hemsida — som ger en fingervisning om stararnas taktik. Varje fågel håller nämligen ögonen på sex sju stycken kamrater runt omkring den, och det räcker för att hela flocken ska kunna hålla ihop. Mer finns att läsa om studien hos Physics Today. Forskarnas artikel finns förresten tillgänglig på ArXiv.org.

Med i starprojektet finns matematiker, statistiker och biologer. Inga astrofysiker vad jag kan se, men som astronom associerar jag ändå till de kolliderande system som bildar de underliga små blåa galaxer som min egen forskning handlar om. I veckan får vår forskningsgrupp besök av en expert på datamodeller av just krockande galaxer. Vanligtvis byggs sådana modeller upp av just mängder av partiklar, definierade i programkoden, som representerar
stjärnor och som växelverkar med varandra enligt tyngdkraften. Gastryck och mörk materia kan också finnas med i bilden. Som med starflockar kan två galaxer i princip passera igenom varandra utan att stjärnor behöver kollidera. Liknande saker ser man på ännu större skala när galaxhopar går samman, som till exempel Gevärskulehopen, som har blivit känd som bevis för att den mörka materian faktiskt finns.

STARFLAG-forskarna själva är intresserade av att tillämpa sina metoder även inom beteendevetenskap, för att undersöka hur mänskliga kollektiv handlar. De hoppas till exempel kunna förstå hur ekonomiska system fungerar, för att kanske kunna motverka de globala marknadernas värsta oberäkneligheter.

Samma genvariant bakom alla blåa ögon

Alla blå ögon får sin färg på samma sätt: en punktmutation på en viss plats i en gen som reglerar produktionen av brunt ögonpigment. Sannolikt har de blåögda samma förfader, en person som levde för 6000-10000 år sedan i närheten av Svarta Havet, gissar forskarna bakom studien.

Det var länge sedan forskare trodde på den ögonfärgsmodell som säger att en enda gen skiljer mellan blått och brunt - den som fanns i skolböckerna när jag gick i högstadiet och som säkert fortfarande finns kvar på sina håll.

Nu finns tre kända gener för ögonfärg, som tillsammans står för en stor del av variationen mellan blå, gröna och bruna ögon (varav två huvudgener). Fler gener behövs för att förklara övriga ögonfärger, men dessa är ännu inte upptäckta. Två olika pigment, ett brunt (eumelanin) och ett gult (lipofuscin) i olika portioner, bildar tillsammans en hel mängd olika ögonfärger.

Minst färgade är grå ögon; de har lite eller inget brunt och gult pigment. Blå ögon är näst "blekast", med lite mer av det gula pigmentet och väldigt lite brunt, och ökar mängden gult ytterligare blir ögonen gröna. Bruna ögon har, föga förvånande, brunt pigment - och det är just det som gör anlaget för brunt dominant. De övriga färgerna beror ju på frånvaro av brunt pigment, helt eller delvis.

Trots att allt detta varit känt visade det sig omöjligt att hitta en mutation i OCA2, den gen som ansetts som den viktigaste genen för blå ögon. Inte så konstigt, för mutationen som ger blått - dvs, stänger av produktionen av brunt pigment så gott som helt, sitter på en annan gen (HERC2) som reglerar den första.

Forskare från Köpenhamns universitet har undersökt 155 blåögda personer från Danmark, 5 blåögda personer från Turkiet och 2 blåögda från Jordan. Samtliga hade exakt samma mutation, beskriver forskarna i en artikel som förhandspublicerats på den vetenskapliga tidskriften Human Genetics hemsida. Två studier som publiceras ungefär samtidigt i en annan vetenskaplig tidskrift (The American Journal of Human Genetics) bekräftar resultatet i andra populationer, enligt Science Now.

Därmed är det sannolikt att alla hade samma förfader. Köpenhamnsforskarna spekulerar att denna person skulle kunna ha fötts i regionen kring Svarta havet för 6000-10000 år sedan, och att anlaget för blå ögon sedan kom till Europa med invandrande jordbrukare.

UPPDATERAT 13/2 för att förtydliga: just blåögdhetens ursprungsplacering och spridning är alltså en spekulation. Läs gärna Åsa:s ilskna och insatta inlägg om giltigheten i densamma.

Länkar
nyhetsrelease (via ScienceDaily)
artikeln i Human Genetics (pren. krävs)
Science Now

Andra bloggar om: vetenskap, forskning, genetik, ögonfärg

Bok- och kaffetips på Taffel

Det finns matnördar av många olika slag. De som försöker lära ut differentialekvationer för att förklara hur värme sprider sig en stek eller ett ägg torde vara i minoritet, även om jag själv nog skulle kunna hamna i det facket.

Jag har trots allt approximerat morötter med oändligt långa cylindrar för att räkna ut koktiden med hjälp av fysikaliska samband. inte självmant, utan i en kurs på KTH; jag hade nog inte kommit på tanken på sådana övningar på egen hand när det är så mycket enklare med provsticka. Men den subtila galenskapen i det tilltalade mig.

Så när jag på vinst och förlust plockade upp Peter Barhams "The Science of Cooking" var det med förtjusning jag insåg att jag hittat en likasinnad typ av matnörd - en som gillar att gå ner och gräva på molekylnivå, och tycker att det går utmärkt att stundtals reducera matlagning till en övning i kemi utan att slutresultatet blir mindre njutbart. Recensionen ligger nu uppe på Taffel.

Och eftersom jag bara hintade om att den skulle komma upp men aldrig länkade, kommer här också en länk till min Taffel-artikel om kaffe.

Den senare gav mig en av mina mest minnesvärda läsaråterkopplingar så långt - ett både berömmande och kritiskt mail från espressofanatikerna Carl och Johannes. Det är kul med insatt kritik!

Andra bloggar om matnördigt, taffel, kaffe, bok

Rivalitet mellan universitet och elitinstitut i Tyskland

Det pågår en intressant debatt om forskning i vårt grannland Tyskland.

Världens kanske främsta forskningsinstitution som inte är ett universitet, det tyska Max Planck-sällskapet, anklagas för att lägga beslag på de allra främsta forskarna och därmed dränera universiteten på talanger - samtidigt som deras bristande kontakt med universiteten innebär att de tappar de mest lovande doktorandera. I den senaste rankningen av världens universitet (Shanghai Jiao Tong-rankningen för 2007) saknas det tyska universitet bland de femtio främta - en nesa för ett land med så lång och stark universitetstradition. I Times Higher Education Supplements senaste rankning ligger det bästa tyska universitetet först på 60:e plats.

Max Planck-sällskapet (MPG) består av 80 institut utspridda över Tyskland, vart och ett centrerat kring ett viktigt eller banbrytande, ibland tvärvetenskapligt område. De har omväxlande kritiserats och berömts för att lägga fokus på enskilda "exceptionella" forskare, och den som får en tjänst - åtminstone en mer senior sådan - får generellt sett gott om finansiellt stöd och resurser för att föra sin forskning framåt (exempel). Och dit de främsta seniora forskarna går, följer ofta de mest ambitiösa och kunniga yngre forskarna efter. (Nu är det inte bara tyska forskare som "dammsugs upp": även svenskfödda mycket framstående forskare som Svante Pääbo och Bill Hansson har flyttat till Tyskland för att bli directors för varsin grupp på varsitt institut.)

I en debattartikel i Frankfurter Allgemeine Zeitung den 9/1, som uppmärksammas i dagens nummer av Science, hävdar så en grupp tyska forskare att det är Max Planck-instituten som är roten till problemet med de tyska universitetens svajiga status, och att de borde införlivas med universiteten för konkurrenskraftens och studenternas skull (se även Der Tagesspiegel).

I svansen på den här diskussionen verkar det också ha uppstått en debatt om examineringsrätten- för när universitetet och Max Planck-Institutet i Mainz vill göra gemensam sak och tillsammans utbilda doktorander ses det som en farlig glidning mot ett läge där universiteten inte längre har monopol på att utfärda examina. (Nu samarbetar redan lokala universitet och MPG-institut med varandra på ett utbrett sätt, så egentligen är det inte ett så stort steg - mer än formellt.)

Den här debatten är intressant på flera sätt. Dels är det en klar indikator på hur otroligt viktig den internationella rangordningen har blivit för universiteten i rekryteringssammanhang. Dels för den skiftande synen på forskare.

Det uppenbara tankefelet bakom resonemanget, enligt min mening, är att det faktiskt inte går att utgå från att elitforskarna stannar i Tyskland om deras idag gynnade positioner införlivas under universitetens (i allmänhet mer tungrodda och ofria) styrning - och samtidigt flyttas från säker till osäker finansiering. De som är beredda att flytta dit toppjobben finns kan lika gärna flytta till USA. Att tvångsansluta fristående forskare i syfte att putsa upp sin egen universitetsstatistik är en högst riskabel strategi. Och trots allt är Max-Planck-professorerna rätt få i jämförelse med det totala antalet tyska professorer: så väldigt mycket lär de rimligtvis inte kunna lyfta statistiken heller.

Vill man ha elitforskare måste man också rimligen ge dem möjlighet att vara elitister - inkluderat att själva välja vilka förhållanden de vill arbeta under.

Länk
Max Planck Gesellschaft

Andra bloggar om: vetenskap, forskning, Tyskland, MPG

Bläckplumpar, marsversionen

Jamen, seriöst. Det torde väl ändå vara ett väl känt fenomen att i en bild som består av några hundra pixlar kan man se i princip vad som helst?

Den lilla "gröna" grejen på mars är en sten, oavsett vad Aftonbladet, Expressen eller SvD påstår *hostföratthöjaläsarsiffrornapåbekostnadavtrovärdighethost*. Eller BBC, som man kan misstänka att de övriga läst och inspirerats av.

Nåja, Populär astronomi tar hand om det här så pass bra att jag egentligen inte behöver säga mer. Gå dit och läs.

Jag tänkte istället ta tillfället i akt att påpeka att människan är en mönsterhittare av rang, och speciellt gäller det förmågan att känna igen allt som på minsta vis liknar en människa, hennes rörelseschema eller sinnesstämning. Vi kan se om ett knippe ljuspunkter som rör sig gör det slumpmässigt eller på ett sätt genererat av en verklig person. Två prickar och ett streck - en smiley - kan användas för att symbolisera ett ansikte så att i princip vem som helst förstår det, och streckets böjning och placering kan bestämma om "ansiktet" vi ser är glatt eller ledset (och hur mycket). Vi klämmer helt enkelt in väldigt mycket information i väldigt få datapunkter - och därmed ser vi ibland heliga figurer på en ojämnt rostad brödskiva eller hotfulla silhuetter i en mörk hall, trots att de inte finns där.

Mösterhittarförmågan, pareidolia, är det som träder in när någon sträcker fram en bläckplump och säger "vad ser det ut som?" för att få en ledtråd till din sinnesstämning. Och om bilden av en liten grynig silhuett på Mars visar något alls, är det att idén om den gröna marsmänniskan är en av västvärldens mer etablerade myter. Den ligger och lurar i vårt undermedvetna, ända tills någon producerar rätt sorts bläckplump.

Andra bloggar om: mars, myter, hjärnan

Sju sanningar

Ingemar utmanade mig att skriva sju sanningar om mig själv, och eftersom jag faktiskt är skyldig honom en blogmeme i gengäld för den här (som jag tvärtemot mina principer både gjorde och utmanade folk på) så tänker jag göra det. Men eftersom jag också har bestämt att på den här bloggen hamnar bara vetenskap(-srelaterade saker), så har jag tänkt att det ska handla om hur jag förhåller mig till forskarlivet och forskarrollen.

1. Jag älskar att läsa vetenskapliga artiklar, inom mitt eget fält men också inom totalt orelaterade fält. Lyckligtvis har jag en sambo som tycker det är helt OK att jag fascinerat fastnar i en femtiosidig rapport klockan tio en lördagkväll, då och då. Det är nog till stor del en fråga om "acquired taste"; i början tyckte jag det var både tungt och tråkigt (vilket nog till viss del berodde på att jag satt inomhus, hela sommaren i +30 graders värme, och läste på inför mitt exjobb). Och jag älskar att diskutera vetenskap, därav bloggandet.

2. Jobbet fick mig att bli en regelbunden daglig kaffedrickare. Och tedrickare. Eftersom jag inte kan göra något i lagom mängd blev jag både tenörd och kaffenörd på köpet.

3. Jag tänker omväxlande på engelska och svenska (vilket jag misstänker är en konsekvens av att arbeta växlande på båda språken). Ibland i samma mening. Ett tag kämpade jag med att hålla mina anteckningar språkligt rena - strikt svenska eller engelska - men sedan bestämde jag mig för att det var onödigt när det bara var jag själv som skulle läsa dem. Jag vet att jag kan skriva väl på endera språket när det gäller, och nöjer mig med det. Kod skriver och kommenterar jag dock uteslutande på engelska, för man vet aldrig när någon vill ha den efteråt och vem det är (jag skickade t ex nyligen min exjobbskod, skriven 2003/4, till en litauisk kollega)

4. Jag blir väldigt sällan arg. När jag väl blir det handlar det ofta om att någon misshandlar vetenskap, har taskig källkontroll eller påstår saker som inte stämmer med etablerad kunskap och skulle vara lätt att kolla upp; intellektuell lättja får mig att se rött. Mitt sätt att hantera det är att skriva långa detaljerade bloggposter pepprade med referenser - konstruktivt men en smula tidsödande.

5. Jag gillar att gräva ner mig i ett problem åt gången. Det är en idealiserad situation som inte ofta uppstår i verkligheten, och på sätt och vis är det tur - jag blir som extremfall både dags-, dygns- och veckovill när jag gör det och beter mig som sinnebilden av en "typisk" disträ forskare. Istället har jag blivit oerhört strategisk i min planering av vad som ska göras när, och ironiskt nog väldigt bra på att multitaska.

6. Jag bestämde mig för att bli forskare inom det fält jag håller på med i det ögonblick jag insåg att man kunde använda matematik och/eller datorer för att beskriva biologiska system och på det viset få ut kunskap som var svår eller omöjlig att få på annat sätt. Det kan nog närmast beskrivas som en intellektuell förälskelse (det stämmer nog på många forskare, och det är därför det är riskabelt att fråga en forskare vad hon/han gör: vem talar inte länge och gärna om något de älskar?)

7. Jag kan aldrig göra en enda sak; jag har alltid minst ett till projekt på gång. Numer är de stenhårt ransonerade - jag jobbar trots allt i snitt 60 tim/vecka - och jag försöker välja dem konstruktivt så att även mitt "forskarjag" vinner på dem. Skrivjobb (DN och Taffel) för att bli en bättre kommunikatör, spexskådis för att bli en bättre talare, scoutledare för att öva mig i ledarskap, bloggande för att öva mig i kritiskt tänkande och argumentation... naturligtvis krockar den här approachen ofta med punkt #5. Men det går med planering.

Jag tänker inte utmana någon annan explicit, men om någon/några av mina forskarkollegor vill blogga om hur de förhåller sig till/formats av forskarrollen och forskarvärlden - eller om ickeforskarna vill blogga om hur de ser på forskare - så är de väldigt välkomna. Lägg gärna en länk i kommentarerna, i så fall!

Andra bloggar om: forskning, sju sanningar, forskarrollen

Kontaktlinser med inbyggd display (nästan)

Forskare från University of Washington har konstruerat en prototyp av kontaktlinser med inbyggda kretsar och miniatyrdioder - ett steg på vägen mot kontaktlinser med inbyggd display. Linserna är flexibla och säkra att använda, och presenterades den 17:e januari vid en internationell konferens.

Ögonimplantat med överlagd display - ibland teknikpessimistiskt förenklat till dito glasögon - är en av sf-fältets favoritframtidsdrömmar. Nu verkar det som om steget dit inte är omöjligt långt; forskarnas prototyplinser är ett bevis på att det kan fungera utan att vara skadligt för ögat. Ingredienserna i kretstillverkning är inte helt nyttiga, så det är ett viktigt resultat.

Prototyplinsen består av riktigt tunna (bara några nanometer tjocka) miniatyrkretsar och små lysdioder - enligt uppgift stör de inte synen. Linsen korrigerar inte synfel i dagsläget, men det ska vara möjligt att bygga in. Framtida förbättringar ska också inkludera strömförsörjning (via radiofrekvens och solceller - idag "fungerar" alltså inte linsen eftersom kretsarna inte får ström) och trådlös uppkoppling(!)

Än ett tag lär vi få vänta på en lins med vettig upplösning; en tidig variant med några få pixlar ska dock kunna bli färdig "ganska fort". Kanske lagom för en scrollande informationsrad i binärkod eller ASCII-kod? Man kan ju hoppas.

Bild från University of Washingtons nyhetsrelease.

UPPDATERAT 22:32 "Undrar om det var något sånt de skrev om på IDG, sa sambon - och visst var det så.

Länk
nyhetsrelease/artikel från University of Washington

Andra bloggar om: vetenskap, forskning, teknik, kretsar, kontaktlinser, science fiction

Vetenskapsjournalistik, nu lite mer bevakad

Branschtidningen Columbia Journalism Review startar The Observatory, en avdelning som uteslutande ska ägna sig åt att bevaka vetenskapsrapportering och miljöjournalistik. Programförklaringen i utvalda bitar:

"[...] climate change is hardly the only crucial scientific issue that the world needs help from the media to understand. From stem-cell research and the AIDS epidemic to a shortage of clean water and food safety, from the quality of epidemiology research to the future of space exploration, the need for credible and thorough journalism will only become more crucial as the new century unfolds.

The science desks at our nation’s newspapers are shrinking or disappearing [...]. Meanwhile, a vast array of Web sites and blogs has emerged in recent years to crank out a daily torrent of scientific, environmental, and medical news and information. [...]

The Observatory will monitor science journalism-covering the coverage-with an eye toward improving the journalism and thereby improving the discourse. It will be a guide to the best and worst of science and environmental journalism; it will tell you where the press excels and makes bold innovations. And it will point out where it falls victim to spin, engages in alarmism, perpetrates false balance, misrepresents the science in peer-reviewed literature, or displays questionable priorities in news judgment."

Det finns mycket bra engelskspråkig vetenskapsjournalistik, och en del riktigt hårresande. Kan nog bli intressant läsning.

Länkar
Columbia Journalism Reviews officiella webbsida
Direktlänk till The Observatory
Wikipedia om Columbia Journalism Review

Andra bloggar om vetenskapsjournalistik

Distribuerade informationssystems fysik

Min kollega Erik Aurell mfl organiserar i maj i år en workshop och ett längre event om de distribuerade informationssystemens fysik. Det är ett coolt område.

Jag vet att en och annan fysiker läser den här bloggen. Känn er tipsade! Det finns visst finansiellt stöd att få, men deadline för det är snart (25/1 för det längre eventet, 29/2 för workshopen).

(nästan) alla vill ha en superdator

Nature News kör en artikel om Storbritanniens senaste superdator, på plats 17 på TOP500. Och idag pratade vi av rent sammanträffande datorkluster på lunchen.

Många grenar av vetenskapen är idag rätt datorberoende, oavsett om det är simuleringar eller analys av mätningar som står för behovet. En superdator kan göra hela skillnaden för om din forskargrupp kan studera vissa typer av problem eller inte. Ytterst handlar det om konkurrens; tillgången till beräkningstid på datorkluster är begränsad och eftertraktad. Kanske inte riktigt lika hårt som tid på något av de stora teleskopen, men helt klart en bristvara.

Och möjligheten att köra tunga beräkningar påverkar vilka typer av forskningsfrågor man sysslar med, och hur man löser dem - både om man har tillgång till ett kluster och om man konkurrerar med någon annan som har det. En kollega i lunchrummet påpekade att det är väldigt frestande att ersätta tankekraft med datorkraft; att man istället för att tänka noga på vilka parametervärden man bör undersöka sätter igången en betydligt större körning som provar mycket fler möjligheter.

Det är väl i och för sig en uppenbar risk/möjlighet; men det är också en tanke med rätt intressanta konsekvenser - både positiva och negativa. Det är nyttigt att tänka på sina forskningsproblem, och även om slutresultatet skulle bli det samma tror jag säkert många med mig har ryggradsreflexen att det ligger ett större värde i att tänka sig fram till ett intressant resultat än att tänka mindre, räkna mer och komma fram till samma resultat. Å andra sidan kan en dator räkna dygnet runt, många dygn i rad - så mycket orkar ingen tänka. Samtidigt är det bra att prova sig fram förutsättningslöst; det är inte alltid man har lyckats tänka på allt, och går man en bit utanför det parameterutrymme man tänker sig kan man upptäcka något man inte trodde fanns där.

När jag skrev min lic-avhandling och tittade på lite äldre simuleringsartiklar (säg från 1990) var det väldigt intressant att se hur mycket som åstadkommits med betydligt knappare medel än de jag själv har tillgång till. Det som var top of the line då skulle jag i princip kunna simulera på min miniräknare eller mobiltelefon idag.

(Över huvud taget är världens samlade mobiltelefoner en rätt outnyttjad beräkningsresurs. Tänk om det gick att lansera någon motsvarighet till Folding AT home för mobiler; kanske en storskalig epidemisimulering som också använde sig av mobilernas innebördes avstånd till varandra för att uppskatta smittorisken...?)

"The problem with the United Kingdom is that it is only once every three or four years that we have a machine that ranks in the top 20" säger en av de intervjuade forskarna.

Vilket såklart är en konkurrensfråga, åtminstone om man inte har tillgång till något internationellt samarbete kring en stor dator. Tillgång till en TOP20-dator var fjärde år låter å andra sidan inte så illa för min del; jag tycker det känns lyxigt nog att ha möjlighet att köra beräkningar på "vårt" kluster Hebb som var inne och vände som kortast på TOP500 med en 377:e placering på näst senaste listan.

De nationella superdatorernas tid riskerar ändå att vara på väg ut, åtminstone för mindre länder som Sverige. Vänta bara tills Kina och Indien börjar skaffa sig superdatorer i högre takt. Då lär vi få vara glada över att ha europeiska superdatorer på TOP500.

(VR har för övrigt en intressant rapport om högprestandaberäkningars framtid i Europa, med avseende på infrastruktur etc).

Länkar
Nature News
TOP500

Andra bloggar om: vetenskap, forskning, beräkningar, superdator, TOP500

Supervin, eller?

Vindruvor producerar resveratrol, en antioxidant som hjälper dem att stå emot svampangrepp. Kinesiska forskare har nu tagit fram en genmodifierad druva som producerar 5.5 ggr mer resveratrol än innan. Men det är rätt långt kvar till ett "supervin".

Den modifierade druvan har fått en gen från ett vilt kinesiskt vin, en variant av enzymet stilbensyntas (som triggar produktionen av resveratrol). Ett vackert litet exempel på parasitbekämpning, som säkert blir mer acceptabelt i de flestas ögon eftersom det rör sig om ett ämne som ses som hälsosamt. För människan, iallafall, om än inte för svampen.

Hur som helst blev jag lite full i skratt när jag såg att någon på SvD bestämt sig för att gå händelserna i förväg och basunera ut att "Supervin förlänger livet - Hälsonyttan av att dricka vin har länge diskuterats. Senast i raden av nyheter är "supervinet" - vinet som ökar din livslängd." Vägen från testodling av druva till kommersiell vinproduktion av något som är drickbart är trots allt ganska lång, och några belägg för att en sex gånger högre halt av resveratrol verkligen märkbart förlänger livet (i de måttliga doser vin som är hälsosamma) tror jag knappast att det finns.

Dessutom är det oklart hur stor mängd extra resveratrol som verkligen hamnar i vinet, och hur gott det blir (antioxidanter är oftast beska). Olika fermenteringstekniker påverkar mängden antioxidanter i det slutliga vinet. Druvan ifråga, Thompson Seedless, är inte precis en högt ansedd druva i vinvärlden utan används mest som bas i billigare viner*. Framför allt används den till vitt vin - dvs, man tar bort skalen innan man fermenterar - och eftersom resveratrol mest finns i skalen så blir det då ganska poänglöst med ett vitt "supervin". I fråga om antioxidantinnehåll slås vitt vin ut av vilket rödvin som helst, och av druvjuice.

Nej, vill man dricka "supervin" är det bättre antagligen bättre att leta upp vin (eller portvin) gjort på muscadine-druvor, som är berömda för sitt höga innehåll av resveratrol. Upp till 5 ggr mer än i vanligt rödvin.

Korspostat, i lätt modifierad form, till Taffels redaktionsblogg Kort om gott.

Länkar
artikeln i Plant Cell, Tissue and Organ Culture (pren krävs)
SvD:s notis, som citerar New Scientist:s notis

Andra bloggar om: vetenskap, forskning, vin, antioxidanter

*Och som ätdruva samt till russin.

Mera Taffel!

Nu har jag min första artikel* uppe på Taffel, om kopi luwak (ni vet, det där "begagnade" kaffet som passerat genom magen på en sibetkatt). Det kommer mer i dagarna, så håll utkik.

*Jag har också sedan tidigare en bokrecension av "Den Hemlige Kocken" uppe; så kanske är kopi luwak egentligen min andra artikel. (Jag tenderar dock att tänka på recensioner som en egen specialkategori.)

Och så skriver jag som sagt emellanåt på redaktionsbloggen Kort om gott.

Insekter blev dödsstöten för dinosaurierna?

När insekter började sprida smittsamma parasiter och hjälpa blommande plantor på traven kunde dinosaurierna hälsa hem. Det är idén bakom en ny bok - "What Bugged the Dinosaurs? Insects, Disease and Death in the Cretaceous" - skriven av forskarna George och Roberta Poinar.

Makarna Poinar kartlägger urtida ekosystem genom att studera insekter och växter som kapslats in i bärnsten (på den tiden då den fortfarande var kåda) och har skrivit flera tidigare böcker om sin forskning (se här).

Deras främsta argument för insekternas roll (i dinosauriernas utdöende) är att dinosaurierna dog för långsamt för att vulkanutbrott eller meteoritnedslag skulle kunna vara hela förklaringen. Nyligen uppkomna smittsamma sjukdomar spridna av bitande insekter, däremot, kan ha blivit droppen som fick bägaren att rinna över. Om inte annat i kombination med att blommande växter fick spridningshjälp av samma insekter, på bekostnad av de gömfröiga växter som dinosaurierna åt. Forskarparet stöder sig på bärnstensfynd av insekter med magar fulla av parasiter som orsakar sandmyggefeber och malaria, och på fynd av rund- och plattmaskar i (fossil) dinosaurieavföring.

Om det är ett giltigt resonemang eller inte, med tillräckligt starka bevis, är svårt att avgöra. Det är en intressant idé, men den är inte granskad och godkänd av andra forskare (till skillnad från en vetenskaplig artikel). Bäst att tillämpa bokprincipen* i sin bedömning.

Länkar
nyhetsrelease
boken hos förlaget

Andra bloggar om: vetenskap, forskning, dinosaurier, insekter

* I korthet: När forskare har tillräckligt starka belägg för en idé brukar de vanligtvis skriva en vetenskaplig artikel. Idéer och resonemang som forskare väljer att lägga fram i böcker tenderar därför i allmänhet att vara mindre välunderbyggda och mer spekulativa (jämfört med i vetenskapliga artiklar), även om detta inte alltid stämmer. Att "en forskare" skrivit något i en bok betyder således inte nödvändigtvis att det är omutlig sanning. Men det är ofta intressant. (Nu är inte vetenskapliga artiklar alltid "sanna" heller, men de har passerat ett betydligt trängre nålsöga än vad en bok gör i och med att de är vetenskapligt granskade av andra forskare).

Varsågod och skölj - med vinrester?

Resterna som blir kvar efter vintillverkning skulle kunna användas för att bekämpa plack och hål i tänderna, föreslår forskare.

Skal- och kärnrester som blir över efter vintillverkning innehåller stora mängder polyfenoler - antioxidanter - av vissa specifika sorter. Dessa ämnen har visat sig störa munbakterien Streptococcus mutans förmåga att bidra till hål, utan att döda bakterierna.

Restmassan kallas för pomace, och används bland annat till foder, gödsel och grappatillverkning. Med den mängd vin som tillverkas finns det rätt mycket pomace att ta av, så istället för att slänga vinresterna som blir över skulle man kunna göra någon form av munsköljningsmedel av dem, föreslår forskare vid University of Rochester Medical Center och Cornell University.

Mängden antioxidanter i extrakt från resterna varierade kraftigt mellan olika druvtyper, men i samtliga fall var halterna lika höga som i extrakt från hela druvor - eller högre. Halterna bör även variera med klimat och andra odlingsförhållanden (vilket inte kunde mätas i studien som bara sträckte sig över ett år och enstaka odlingsplatser).

Polyfenolerna, främst antocyaniner och flavanoler, visade sig minska aktiviteten hos de bakterieenzymer som producerar plack med upp till 85%. Dessutom minskade bakteriernas produktion av syra. Än så länge är vinextrakten bara testade på bakteriekulturer, så det återstår att se om de faktiskt fungerar lika bra i munnen.

Resultaten har publicerats i Journal of Agricultural and Food Chemistry.

Länkar
nyhetsrelease
artikeln (Journal of Agricultural and Food Chemistry, pren. krävs)

Andra bloggar om vetenskap, forskning, hälsa, tänder

Den stolta svenska traditionen med julbockstävlingar?

New Scientist skriver om världens mest nedbrända julbock, Gävles såklart, och passar samtidigt på att upplysa:

"Straw goats are the Scandinavian equivalent of Santa's reindeer. During the festive season families, and even whole towns, vie with each other to erect the most impressive ornamental yule goat, or julbocken."

Väl utarbetat för att vara ett missförstånd, så jag är böjd att kalla det ett rent påhitt - eller finns det något slags årlig jättejulbockskonkurrens i landet som jag helt har missat?

Strax därefter tar den bit av artikeln jag kan se - utan prenumeration, vilket jag saknar - slut. Av rubriken att döma handlar resten om brandsäkring av jättebocken. Vilket nog behövs, att döma av historiken. I år har bocken till och med en egen blogg; kanske ett försök att göra den mer "personlig" och skydda mot attacker på så vis?

Andra bloggar om: julbock, traditioner

PS Den osedvanligt långa - och faktiskt oplanerade - tystnaden här på bloggen beror på lika delar julstök och sedvanlig julnyhetstorka, vilket borde rätta till sig när det nya året infallit.

(meta)fysikkatthumor

LOLcat-fenomenet är kanske inte så välkänt i Sverige, och det hjälper nog inte heller att säga att det är den amerikanska/engelska motsvarigheten till "snel hest"-fenomenet.

MEN. Befinner man sig i den (rätt lilla) subpopulation som både känner till Schrödingers katt och LOLcats så är den här bilden väldigt rolig. Åtminstone sent på kvällen, efter ett otroligt pressat arbetsårs sista jobbdag.

Via New Scientist, i ett blogg inlägg om LOLscience-communityn på Flickr. Tyvärr var ingen annan bild lika kul, men det kanske kommer; här finns råmaterial till LOLkattbilder för den som händelsevis blev inspirerad.

Andra bloggar om: vetenskap, humor, nördhumor, kvantmekanik, LOLcats

Clarke fyller 90!

Science fiction-genrens mest respektabla författare och rymdutforskandets inspiratör nummer 1, sir Arthur C Clarke, fyller 90 idag och jag gästbloggar på Populär astronomi för att uppmärksamma tilldragelsen.

Andra bloggar om: Arthur C Clarke, science fiction, scifi, litteratur, rymden

Odlad fisk kan slå ut den vilda

Parasiter från laxodlingar i Kanada hotar att slå ut all vild lax i samma område, varnar forskare i veckans nummer av Science.

Vilda laxyngel och laxungfisk träffar normalt inte på vuxna laxar förrän de vuxit till sig, och går därmed i stort sett fria från parasiter som laxlus (Lepeophtheirus salmonis): De vuxna laxarna håller sig nämligen längre ut till havs, medan ungfisken som bekant simmar nedströms från sina födelseplatser och sedan håller sig längs kusten.

Problemet är att en helt annan källa till vuxen laxfisk (och dess parasiter) blivit allt vanligare just längs kusten; laxfarmarna. Unga laxar som simmar förbi kassar med tätpackad odlad fisk, som ofta har parasiter, blir i sin tur infekterade och bär dessutom med sig infektionen till andra fiskar.

Fisk i fiskfarmar lever tätare och mer stressat, vilket ger parasiter än bättre förutsättningar att frodas - och eftersom fisken lever i öppna kassar "läcker" bland annat larver från fisklus ut i det omgivande vattnet.

Martin Krkošek och hans kollegor har publicerat ett flertal studier på hur laxodlingar påverkar vilda laxar i samma område - ett kontroversiellt ämne i fiskodlande Kanada. I en artikel från 2005 räknar de ut att nära en fiskfarm (längs en migrationskorridor för unglax) ökar infektionstrycket på ungfisken från parasiten laxlus med hela 73 gånger, och inom en radie av 75 kilometer från farmen är infektionstrycket större än normalt.

Jag blev lite bekymrad för konsekvenserna av fiskodling redan då. Men än mer bekymrande är deras två senaste artiklar; den i veckans Science och en i decembernumret av Proceedings of the Royal Society B, som varnar för populationskollaps för den vilda laxen när trycket från fiskodlingarna stiger över en viss nivå. Över 80% av ungfisken som infekteras av laxlus dör, och om inga åtgärder vidtas riskerar den vilda laxen i Broughtonområdet i British Columbia (Kanada) att dö ut inom fyra generationer.

Naturligtvis är resultaten lokala, men de pekar på att det är viktigt att vara varsam med odlingen av fisk. Speciellt när odlingarna ligger tätt, eftersom det förstärker effekten. (Laxlus trivs i varmare vatten, så om havens temperatur ökar kan problemen förvärras ytterligare).

Så hur skiljer man mellan bättre och sämre odlad fisk? Jag har ingen aning. KRAV-märkt fisk lever glesare i kassarna, enligt riktlinjerna, men det står inget om avståndet till nästa fiskfarm eller om påverkan på vild fisk utanför odlingarna.

Korspostat, fast i kortare version, till redaktionsbloggen Kort om gott på Taffel.

Länkar
Svenska Naturskyddsföreningen om odlad fisk (från år 2004)
Reviewartikel i Nature (år 2000) om fiskodlingens effekt på fisktillgången i världen
En bitvis bitter diskussion om vad som är uthållig fisk, från Årstidernas forum
Artikeln i Science (pren krävs)
Artikeln i PRSB (pren krävs)
Den äldre artikeln i PRSB (pren krävs)

Andra bloggar om: vetenskap, forskning, ekologi, odlad lax

Barnbärarböj på ryggen

Gravida kvinnors ryggar böjer sig ännu mer som 'S', för att ge bättre balans, och kvinnors nedre ryggkotor är lite annorlunda formade för att minska belastningen som svankandet innebär. Det är en evolutionär anpassning som fanns redan hos de tidigaste upprätt gående människorna, skriver forskare i dagens Nature.

En gravid kvinnas masscentrum (tyngdpunkt eller 'balanspunkt') flyttar sig successivt utåt från sin vanliga plats ovanför höfterna, i takt med att hennes mage växer. Om det inte gick att korrigera för skulle gravida kvinnor få svårt att hålla balansen, och ha problem med sådant som att springa eller gå.

Våra fyrbenta släktingar aporna har inte samma problem; med en fyrbent ställning har den extra vikten vid magen inget större inflytande på masscentrum och balansen. Balansbekymren uppstod först när de tidigaste människorna började gå upprätt.

Eftersom ryggen är böjbar går det att kompensera för graviditetsmagens vikt genom att svanka mera - då flyttar sig kroppens masscentrum inåt höfterna igen. Gravida kvinnor gör så automatiskt. Böjningen ökar med ungefär 60% under graviditeten, visade forskarnas mätningar - och om kvinnorna inte kan svanka flyttar sig deras masscentrum flera centimeter framåt.

Anpassningen till den ökade belastningen på ryggen har gjort att mäns och kvinnors nedre ryggrader är subtilt annorlunda; "svanken", den rad med ländkotor som är tjockare inåt än utåt, sträcker sig över en ytterligare kota hos kvinnorna (tre istället för två). Dessutom är lederna mellan ytorna på ledutskotten större hos kvinnor, så att det ökade trycket på lederna kan kompenseras med att det sprids över en större yta. Kvinnors ryggar tål således svankandet bättre.

Könsskillnaden i ryggraden finns redan hos Australopithecus, vår tidigaste tvåfota förfader, visar forskarna i samma artikel. Men den saknas hos den fyrfota schimpansen - och därmed är den sannolikt en produkt av evolutionens anpassning av ryggen till det tvåfota barnbärandets belastningar.

UPPDATERAT 16/12: Och idag skriver DN Vetenskap om detta - med en snygg bild på ryggradskrökning och masspunkt.

Länkar
Nature News
artikeln i Nature (pren. krävs)
ScienceNOW
BBC News (med bra bild)
New York Times
SR Vetenskapsradion
New Scientist

Andra bloggar om: vetenskap, forskning, människan, ryggen, graviditet